Di wilayah Kebumen, Kali Ijo melewati wilayah dua kecamatan yakni Kecamatan Rowokele dan Kecamatan Ayah. Di sisi barat sungai, wilayah yang dilalui adalah Kecamatan Tambak dan Kecamatan Sumpiuh di Kabupaten Banyumas, serta Kecamatan Nusawungu di Kabupaten Cilacap. Kali Ijo merupakan sungai utama yang berada di daerah aliran sungai (DAS) Ijo. DAS Ijo ini memiliki luas sekira 32.902,625 Ha yang mencakup tiga wilayah kabupaten di atas.[1] DAS Ijo memiliki empat sub-DAS yakni sub-DAS Gatel, sub-DAS Jambe, sub-DAS Pucung dan sub-DAS Tambak.[2] Hulu sungai ini berupa perbukitan dengan sungai berjeram, namun demikian sebagian besar sungai ini berada di dataran rendah dengan tipe landai. Sungai Ijo memiliki beberapa anak sungai yang cukup besar terutama di dekat muaranya, sehingga lebar sungai ini di muaranya beberapa kali lipat dari lebarnya di wilayah hulu. Di dekat muaranya, sungai ini dinamakan Bengawan Bodo.
Beberapa anak sungai tersebut di antaranya:
Kali Bodo
Kali Bulu
Kali Gatel
Kali Gumelar
Kali Jambe
Kali Kecepak
Kali Reja
Kali Teba
Kali Tambak
Pemanfaatan
Kali Ijo terutama dimanfaatkan untuk pengairan (irigasi) melalui beberapa pintu air atau bendung seperti bendung di Dusun Tambakwringin, Desa Bumiagung, Kecamatan Rowokele, Kabupaten Kebumen. Di samping itu, penduduk di sepanjang aliran Kali Ijo juga sering memanfaatkannya untuk memperoleh ikan secara tradisional dengan cara memancing atau menjala.
Di dekat muaranya terdapat objek wisata Pantai Ayah, salah satu objek wisata andalan Kabupaten Kebumen[3] serta objek wisata baru berupa Wisata Edukasi Hutan Mangrove Logending yang berada tak jauh dari Pantai Ayah tersebut.[4] Aliran Bengawan Bodo di tepi Pantai Ayah dan hutan mangrove tersebut juga dimanfaatkan untuk wisata berperahu menyusuri sungai. Sisi barat muaranya digunakan untuk pelabuhan pendaratan ikan bagi nelayan pesisir selatan di Kabupaten Cilacap bagian timur serta Kabupaten Kebumen bagian barat.
Wilayah di belakang kuala Kali Ijo (Bengawan Bodo), dan beberapa anak sungainya yang bermuara di situ, juga dihuni oleh beberapa ekor buaya muara (Crocodylus porosus). Pada musim kemarau 2015-2016 buaya-buaya tersebut muncul ke permukaan serta berjemur di tepian sungai karena air sungai yang menyusut drastis saat kemarau datang.[5][6][7]
