Pujats lahir di paroki Nautrēni, Latgale. Ia masuk Seminari Teologi di Riga sampai sekolah tersebut ditutup oleh Uni Soviet pada 1951. Dua bulan kemudian, ia ditahbiskan dalam sebuah upacara rahasia oleh Uskup Agung Antonijs Springovičs. Saat episkopat Paus Paulus VI, ia mengimplementasikan reformasi liturgi Sri Paus dan menerbitkan missal pertama dalam bahasa Latvia. Jānis Pujats menjadi Uskup Agung Riga pada 1991. Pada 21 Februari 1998, ia diangkat menjadi Kardinal in pectore oleh Paus Yohanes Paulus II; pengangkatannya sebagai kardinal dikabarkan ke publik di konsistori 21 Februari 2001.[1] Ia menjadi salah satu kardinal elektor yang ikut dalam konklaf kepausan 2005 yang memilih Paus Benediktus XVI. Ia dapat berbicara dalam bahasa Rusia, Polandia, Lithuania, Jerman dan Latin selain bahasa aslinya, Latvia.[2]
Ia dikenal karena menjadi satu-satunya anggota Sinode Uskup-uskup yang secara eksklusif berbicara dalam bahasa Latin saat pertemuan 2001 dan 2005.[3]
Pengunduran dirinya diterima atas alasan usia pada 19 Juni 2010, saat Paus Benediktus melantik Zbigņevs Stankevičs sebagai uskup agung baru Riga.[4]