"Kota" di Indonesia merupakan daerah tingkat dua dalam sistem pembagian administratif Indonesia yang setara dengan kabupaten dan diperintah oleh wali kota. Istilah kota tersebut belum tentu sama dengan istilah "kota" dalam penggunaan umum. Sementara itu, kota otonom adalah "kota" menurut sistem administrasi di Indonesia, khususnya dalam artian bahwa kota tersebut memiliki pemerintahan daerah yang mengatur wilayahnya sendiri (otonom).