PSSI menguji coba beberapa peraturan khusus untuk klub pada Piala Presiden 2017 sebelum digunakan pada Liga 1 2017. Peraturan tersebut adalah sebagai berikut.[7][8][9]
Lima klub yang merupakan juara grup ditambah dengan tiga peringkat dua terbaik lolos ke babak gugur. Babak perempat final dan final berformat laga tunggal yang dimainkan di tempat netral, sementara babak semifinal dilaksanakan dengan sistem kandang-tandang.
Setiap klub mengontrak setidaknya lima pemain U-23 dan wajib memainkan tiga di antaranya minimal 45 menit waktu pertandingan. Apabila satu dari 3 pemain U-23 ada yang cedera, pemain wajib digantikan oleh pemain U-23 lainnya.
Setiap klub diperbolehkan memasukkan lebih dari tiga pemain asing dalam susunan pemain. Akan tetapi, saat bermain di lapangan, klub harus mematuhi aturan 2+1, atau dua pemain asing non-Asia dan satu pemain Asia.
Setiap klub dilarang memasukkan lebih dari 2 pemain berusia di atas 35 tahun dalam susunan pemain.
Per pertandingan yang dimainkan pada 17 Februari 2017. Sumber: [13] Catatan:
^ abPersipura dan Persegres Gresik United memiliki poin, jumlah gol, dan selisih gol yang sama. Persegres diputuskan menjadi peringkat dua klasemen grup 1 setelah menang dalam undian.[12]
Tiga klub terbaik di antara lima klub yang ada di posisi kedua ditentukan oleh head-to-head masing-masing tim dengan tim di atas atau di bawah posisi tim di klasemen
Sementara, babak semifinal dilaksanakan melalui sistem kandang-tandang. Setelah itu, dilaksanakan babak penentuan tempat ketiga dan juara di Stadion Pakansari, Kabupaten Bogor pada 12 Maret 2017.[17]
Pengundian peserta pada babak 8 besar menghasilkan pertandingan sebagai berikut.[18]
