Romo Ruby, panggilan dari Robertus Rubiyatmoko, mengawali pendidikan imamatnya di Seminari Menengah Santo Petrus Kanisius Mertoyudan, Magelang. Usai menyelesaikan pendidikan tahun rohani sebagai calon frater diosesan KAS di Seminari Tahun Rohani Keuskupan Agung Semarang di Wisma Jangli Semarang tahun 1984–1985, ia melanjutkan pendidikan belajar filsafat dan teologi di Fakultas Wedabhakti Universitas Sanata Dharma Yogyakarta dan tinggal di Seminari Tinggi Santo Paulus Kentungan Yogyakarta. Ia ditahbiskan menjadi imam tanggal 12 Agustus 1992.[4]
Semasa menjadi Imam, Romo Ruby sempat bertugas di Paroki Santa Maria Assumta Pakem pada tahun 1992 hingga 1993.[5] Ia lalu ditugaskan oleh Uskup Agung Keuskupan Agung Semarang waktu itu yakni Mgr. Julius Darmaatmadja, SJ untuk belajar Hukum Gereja di Roma, Italia. Romo Ruby memperoleh gelar Doktor Ilmu Hukum Gereja dari Universitas Gregoriana, Roma. Selama menjalani studi di Roma dia tinggal di Asrama Kepausan Belanda dari tahun 1993 hingga 1997. Sebelum ditunjuk menjadi Uskup Agung Semarang, dia bertugas sebagai staf Seminari Tinggi Santo Paulus Kentungan Yogyakarta dan dosen Hukum Gereja Fakultas Teologi Wedabhakti, Universitas Sanata Dharma, Yogyakarta.[6] Pada tahun 2011, ia diangkat menjadi Vikaris Yudisial Keuskupan Agung Semarang.[3]
Pengumuman mengenai pengangkatan Mgr. Dr. Robertus Rubiyatmoko menjadi Uskup Agung Semarang disampaikan kepada umat pada hari Sabtu, 18 Maret 2017 pukul 18.00 (pukul 12.00 waktu Roma, Italia) [7] atas mandat Nuncio Apostolik Indonesia waktu itu Mgr. Antonio Guido Filipazzi. Secara resmi, pengumuman tersebut termaktub di dalam surat keuskupan yang ditandatangani oleh RD. FX. Sukendar Wignyosumarta yang saat itu menjadi Administrator Diosesan. Untuk selanjutnya bulla pengangkatan resmi dari Paus Fransiskus dibacakan saat Tahbisan Episkopal di Lapangan Bhayangkara Akpol Semarang.
Terpilihnya Robertus Rubiyatmoko menjadi Uskup Agung baru Semarang menjadi hadiah berarti bagi Keuskupan Agung Semarang. Apalagi di bulan Juli-Agustus 2017, Keuskupan Agung Semarang menjadi tuan rumah bagi 7th Asian Youth Day 2017 dimana ada setidaknya 3.000-an orang muda Katolik dari 29 negara di Asia berpartisipasi dalam perhelatan iman di kalangan orang muda Katolik se-Asia ini.[8]
"Gembalakanlah kawanan Allah yang ada padamu, jangan karena terpaksa, tetapi dengan sukarela seturut kehendak Allah. Jangan mencari keuntungan, tetapi relakanlah diri. Jangan main kuasa atas umat yang dipercayakan kepadamu. Tetapi hendaklah kamu menjadi teladan bagi kawananmu. Dan bila gembala agung datang, kamu akan menerima mahkota kemuliaan yang takkan binasa."
Bacaan ini sesuai motto Tahbisan Uskup Ruby, yaitu Quaerere et Salvum Facere yang artinya Mencari dan Menyelamatkan.[10] Motto penggembalaan tersebut diambil dari Injil Lukas bab 19 ayat 10 (Luk 19:10) yang berkisah tentang Zakheus si pemungut cukai.[11]