Hubungan Malaysia dengan Palestina cukup erat karena letak Masjid Al-Aqsa yang berada di Baitulmuqaddis, Palestina. Masjid ini merupakan masjid suci umat Islam yang ke-3.
Perang saudara terjadi antara Hamas dengan Fatah secara berkelanjutan. Hamas mendapat dukungan dari Iran dan Syria, sedangkan Fatah mendapat dukungan dari Israel dan Amerika Serikat. Dana sebesar AS$ 86.4 juta diberikan kepada Mahmood Abbas dan Fatah sebagai bantuaan dalam membentuk pasukan keamanan Presiden.[1]
Era Yasser Arafat
Malaysia merupakan sebuah negara dengan wilayah geografi yang tidak terlalu luas dan jaraknya jauh dari Palestina. Karenanya, Malaysia tidak pernah mengirim pasukan militer maupun logistik ke Palestina untuk menentang orang Yahudi yang mendukung Israel. Malaysia dan negara-negara yang terhimpun dalam Organisasi Kerja Sama Islam tidak mampu memberikan bantuan ketika Yasser Arafat dikepung di kantornya akibat tuduhan sebagai teroris. Meski demikian, Malaysia selaku ketua Organisasi Kerja Sama Islam sekaligus ketua Gerakan Non-Blok tetap mendukung perjuangan rakyat Palestina.
Arafat melakuan kunjungan ke Malaysia pada tahun 1984 untuk bertemu dengan Menteri Luar Negeri Malaysia yaitu Ahmad Rithauddeen Ismail dan Ghazali Shafie.
Mahmoud Abbas kembali melakukan kunjungan ke Malaysia pada tanggal 26 Mei 2010. Kali ini ia mengunjungi Perdana Menteri Malaysia yaitu Najib Razak dan Sultan Terengganu yaitu Mizan Zainal Abidin.[4]