28 tim yang tampil dibagi dalam dua grup (14 Wilayah Barat, 14 Wilayah Timur); 4 tim yang berada pada posisi teratas dari tiap wilayah maju ke babak 8 Besar yang dibagi dalam dua grup; Dua Tim terbawah dari tiap wilayah terdegradasi ke divisi Satu musim 2001; Dua tim di posisi teratas dari setiap grup pada babak 8 Besar maju ke babak semifinal; para pemenang semifinal bertemu di Final; Tim pemenang pada partai Final akan dinobatkan sebagai juara Divisi Utama 1999-2000 sekaligus tampil di Piala Champions Asia musim 2000-2001; Tim yang kalah pada partai Final akan dinobatkan sebagai runner-up Divisi Utama 1999-2000 sekaligus tampil di Piala Winners Asia musim 2000-2001.
