Pada musim 2008/2009 Persiraja bermain di Divisi Utama Liga Indonesia. Persiraja terkenal dengan permainan taktis dan kerasnya, terutama saat bermain di kandangnya yang terkenal angker bagi tim-tim lawan yang bermain di Kota Banda Aceh.
Salah satu yang membuat Persiraja sulit dikalahkan di kandangnya sendiri adalah dukungan luar biasa yang ditunjukkan oleh para pendukung dari seluruh penjuru Aceh dan juga suporter mereka yang dikenal dengan SKULL(Suporter Kutaraja Untuk Lantak Laju). SKULL sendiri didirikan pada tahun 2007.
Namun pada pertengahan tahun 2011, terjadi kisruh di tubuh PSSI (Persatuan Sepak bola Seluruh Indonesia) dikarenakan kepengurusan yang saat itu dipegang oleh rezim Nurdin Halid dianggap gagal memajukan prestasi sepak bola Indonesia. Lalu PSSI akhirnya membentuk kepengurusan yang baru dan diketuai oleh Djohar Arifin Husin. Nama kompetisi pun berubah, yang dulunya LSI kemudian diganti nama dengan IPL (Indonesian Premier League) atau Liga Prima Indonesia.
Dengan terbentuknya kepengurusan PSSI yang baru serta mewajibkan tim-tim sepak bola agar tidak menggunakan dana APBD (Anggaran Pendapatan dan Belanja Daerah) pada era industri sepak bola modern, maka pada bulan Agustus tahun 2011 Persiraja melakukan kerjasama merger bersama Aceh United yang merupakan tim peserta Liga Primer Indonesia (LPI) asal Aceh dan berada di bawah naungan PT. Aceh Sportindo Mandiri untuk mengarungi kompetisi Liga Prima Indonesia 2011–2012.
Pada musim 2014/2015 Persiraja mengalami perselisihan internal dengan Pemerintah Kota Banda Aceh yaitu dengan Kadis DPKAD Banda Aceh Drs Purnama Karya dan Pejabat Pemkot Banda Aceh yang terlibat dalam klub Persiraja Banda Aceh, adanya pejabat kota yang menjabat di kerangka pimpinan di klub Persiraja mengakibatkan sebenarnya telah melanggar Peraturan (Peraturan Menteri Dalam Negeri Nomor 22 Tahun 2011 : melarang pejabat menjabat/menggunakan dana APBD ke Klub Sepak Bola dan Politik dilarang dalam sepak bola).
Persiraja awalnya secara resmi tergabung di grup 1 DU, namun pihak Persiraja mengumumkan di laman resmi mereka pada 8 April 2014 secara resmi bahwa mereka tidak akan mengikuti kompetisi D 2014 yang akan dihelat 15 April 2014 mendatang, akibat perselisihan internal antara Pemkot Banda Aceh dan Persiraja.
Pada musim 2015/2016 Persiraja ikut terkena imbas dari permasalahan PSSI dan Pemerintah Pusat, Pemain Persiraja tidak mendapatkan gaji dan klub kekurangan sponsor yang menjadikan Pemain Persiraja tidak mendapatkan kepastian masa depan akibat dari penghentian sementara liga-liga di Indonesia.
Tahun 2017, adalah awal mula bagi persepakbolaan Indonesia berjalan setelah terkena sanksi FIFA. Persiraja Banda Aceh memulai musim di Liga 2, dan gagal melaju Liga 1 setelah di sesi grup 1 setelah kalah 1 poin dari PSMS Medan di akhir musim. Persiraja mampu bertahan di Liga 2, dengan memimpin juara Grup E di Play Off 2 dan tidak didegradasi ke Liga 3.
Pada Liga 2 2018, Persiraja berhasil memperoleh posisi ke-2 di klasemen Grup Wilayah Barat dan melaju ke babak-2 yang menggabungkan 4 tim yang memperoleh poin tertinggi dari 2 Wilayah Barat & Timur Liga 2. Namun Persiraja hanya mampu mendapatkan posisi ke-3 di Grup B kalah 1 Poin dari PSS Sleman dan Persita Tangerang, yang menggagalkan Persiraja selangkah dari memasuki Liga 1.
Pada musim Liga 2 2019, Persiraja berhasil menjadi juara 3 setelah di pertandingan perebutan tempat ketiga mengalahkan Sriwijaya FC 1-0. Dan berhak promosi ke Liga 1 2020.
PersirajaBanda Aceh sementara ini bermarkas di Stadion Harapan Bangsa yang beralamat di Jalan Sultan Malikul Saleh No. 97 Gampong Lhong Raya, Kecamatan Banda Raya, Kota Banda Aceh, Aceh. Tim ini memiliki julukan Laskar Rencong dengan motto Lantak Laju (Hajar Terus). Persebakbolaan di Banda Aceh menjadi hidup dengan kehadiran Persiraja Banda Aceh dan didukung oleh para tifosi penggemar sepak bola Aceh yang terus bertambah.
Tanah rencong memiliki potensi besar karena tersedia bakat-bakat pemain muda dan suporter sepak bola yang aktif. Klub kebanggaan masyarakat Aceh ini akan menampung bakat-bakat pemain muda lokal untuk berprestasi, dan menyuguhkan tontonan menghibur kepada para penonton juga suporter.
Rivalitas
Persiraja dulu berselisih dengan sesama klub Aceh, PSAP Sigli. Derby ini biasa disebut dengan Derbi Klasik Aceh. Pertandingan mereka selalu dalam suasana panas.[3][4] Satu kejadian paling tragis terjadi pada 2014, saat kiper PSAP Sigli, Agus Rahman, melakukan tekel keras terhadap striker Persiraja, Akli Fairuz. Akli mengalami kebocoran kandung kemih dan, beberapa hari setelah pertandingan, meninggal karena luka dalam akibat tekel tersebut.[5] Dia menerima skorsing setahun yang diberikan oleh PSSI.[6] Saat ini, sejak Persiraja dan PSAP Sigli tidak lagi berada di level yang sama, persaingan telah mereda. Selain itu, Persiraja juga memiliki rivalitas dengan klub Aceh lainnya, PSBL Langsa.[7][8]
Didirikan pada tahun 1998 Stadion Harapan Bangsa terletak di Gampong Lhong Raya, Kecamatan Banda Raya, Kota Banda Aceh, Aceh yang juga merupakan markas klub sepak bola PersirajaBanda Aceh mulai tahun 2011/2012, namun status Stadion Harapan Bangsa sering dijadikan tempat Event tertentu oleh seluruh Provinsi Aceh dan tidak hanya dimiliki khusus oleh Persiraja atau Pemkot Banda Aceh karena stadion tersebut dibangun dengan APBA Aceh dan secara otomatis stadion tersebut milik Pemerintah Aceh. Stadion ini direnovasi setelah bencana Gempa bumi dan tsunami Samudra Hindia 2004. Stadion Harapan Bangsa memiliki kapasitas 45.000 tempat duduk. Stadion kebanggaan Tanah Rencong ini sempat menjadi salah satu stadion termegah di Indonesia pada rentang tahun 1998-2000 namun akibat kurangnya perawatan di stadion ini dan terjadinya gempa tsunami membuat julukan itu tinggal kenangan.
Berbeda dari Stadion Harapan Bangsa, Stadion Haji Dimurthala adalah markas Persiraja yang dibangun oleh Pemerintah Kota Banda Aceh khusus untuk menjadi home base Persiraja. Stadion Haji Dimurthala adalah sebuah stadion yang terletak di Gampong Kota Baru, Kecamatan Kuta Alam, Kota Banda Aceh, Aceh, Negara Indonesia. Stadion ini dinamakan seperti nama legenda Persiraja Banda Aceh, H. Dimurthala atau lebih dikenal dengan nama Bang Mur dipergunakan untuk menggelar pertandingan sepak bola dan merupakan markas dari klub sepak bola Persiraja Banda Aceh. Stadion ini memiliki kapasitas 20.000 orang. Stadion tersebut juga terkena dampak akibat Tsunami 2004 dan direnovasi terutama saat Presiden FIFA, Sepp Blatter dalam kunjungannya ke Stadion Haji Dimurtala, Selasa 4 April 2006.
Pendukung
Dukungan luar biasa yang ditunjukkan oleh para penonton setia dari berbagai penjuru Aceh dan juga suporter Persiraja yang dikenal sebagai organisasi S.K.U.L.L.(Suporter Kutaraja Untuk Lantak Laju). Organisasi S.K.U.L.L. yang didirikan pada tahun 2007 ini juga terkenal sebagai suporter yang sangat sportif dan hampir tidak memiliki catatan buruk dari Komdis PSSI.
