Panglima Tertinggi adalah Presiden Mesir, Abdul Fattah as-Sisi, mantan perwira Angkatan Darat (seperti kebanyakan presiden Mesir). Semua cabang, angkatan, angkatan darat, daerah, badan, organ dan departemen Angkatan Bersenjata berada di bawah komando Panglima Angkatan Bersenjata, yang sekaligus Menteri Pertahanan.
Dewan Tertinggi Angkatan Bersenjata (SCAF) terdiri dari 23 anggota, diketuai oleh Panglima Tertinggi dan Menteri Pertahanan, dan diwakili oleh Kepala Staf Angkatan Bersenjata. Komandan wilayah militer (pusat, utara, barat, selatan), kepala badan (operasi, persenjataan, logistik, teknik, pelatihan, keuangan, peradilan militer, Manajemen dan Administrasi Angkatan Bersenjata), direktur banyak departemen (perwira dan Intelijen Militer dan Pengintaian), dan asisten menteri pertahanan untuk urusan konstitusional dan hukum. Sekretaris Dewan adalah Sekretaris Jenderal Kementerian Pertahanan.
Kenneth M. Pollack, Arabs at War: Military Effectiveness 1948-91, University of Nebraska Press, Lincoln and London, 2002, and Pollack's book reviewed in International Security, Vol. 28, No.2.
