Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 2003-2004 è stato il tredicesimo organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questi sono i gironi organizzati dal comitato regionale della Sicilia.
Il Mascalucia acquisisce il titolo dal neopromosso Nicolosi.
Legenda: Folgore Castelvetrano promosso in Serie D 2004-2005. Alcamo promosso in Serie D 2004-2005 dopo play-off nazionali. Mazara retrocesso in Promozione 2004-2005 dopo play-out. Panormus Cinisi e Ten. T.C. Terrasini retrocessi in Promozione 2004-2005.
Legenda: Giarre promosso in Serie D 2004-2005. Comiso ammesso ai play-off nazionali. Canicattini e Giarratana retrocessi in Promozione 2004-2005 dopo play-out. Belpasso e Spadaforese retrocessi in Promozione 2004-2005.