Il campionato italiano di calcio di Eccellenza regionale 1999-2000 è stato il nono organizzato in Italia. Rappresenta il sesto livello del calcio italiano.
Questi sono i gironi organizzati dal comitato regionale della Sicilia.
In questa stagione sono stati introdotti per la prima volta i play-out, volti a stabilire alcune delle retrocessioni in Promozione.
Legenda: Cephaledium e in seguito Panormus[2] promossi in Serie D 2000-2001. Orlandina promosso in Serie D 2000-2001 in quanto vincitrice della Coppa Italia Dilettanti 1999-2000. Mazarese retrocesso in Promozione 2000-2001 dopo play-out. Grotte retrocesso in Promozione 2000-2001.
Legenda: Paternò promosso in Serie D 2000-2001. Villafranca Tirrena ammesso ai play-off nazionali. Augusta retrocesso in Promozione 2000-2001 dopo play-out. Lipari retrocesso in Promozione 2000-2001.
Play-out
Squadra 1
Risultato
Squadra 2
Gravina
4 - 1
Augusta
Spadaforese
0 - 0
Viagrande
Note
^Piazzamento dell'Agrigento, con cui si fonde e dal quale acquisisce il diritto di partecipare al campionato di Eccellenza