Le origini del cristianesimo nella città sono incerte. La tradizione locale ricorda un gruppo di cristiani provenienti da Vicenza, uccisi a Concordia durante la persecuzione di Diocleziano attorno al 304 e venerati come martiri, le reliquie dei quali sono conservate in un'apposita cappella dell'attuale cattedrale. Incerta è anche l'epoca di evangelizzazione dell'«agro concordiese», cioè l'area compresa tra i fiumi Tagliamento e Livenza (più o meno corrispondente all'ex provincia di Pordenone) e che costituirà il territorio diocesano. La presenza di antiche memorie legate ad Aquileia, come la pieve dei Santi Ilario e Taziano a Torre di Pordenone, la chiesa di San Vigilio a Pieve di Porcia e la chiesa di Sant'Ermacora a Chions, fa supporre che il cristianesimo sia arrivato nel pordenonese da Aquileia e non da Concordia.
La diocesi di Concordia fu eretta nel IV secolo; la prima cattedrale venne consacrata dall'arcivescovo di AquileiaCromazio tra il 388 e il 389 circa e fu dedicata ai Santi Apostoli, di cui vennero deposte alcune reliquie; contestualmente fu consacrato un vescovo, di cui non si conosce il nome, che gli storici ritengono essere il primo vescovo diocesano,[1] anche se è stata avanzata l'ipotesi che si trattasse di un corepiscopo sottomesso all'autorità del vescovo aquileiese. Il primo vescovo certo di una diocesi a sé stante è Chiarissimo, presente al sinodo di Grado del 579 e a quello di Marano del 590; Concordia qui risulta suffraganea del patriarcato di Aquileia, e tale resterà anche dopo la creazione del patriarcato di Grado.
In seguito all'invasione dei Longobardi, accompagnata dalla distruzione di Concordia, il vescovo, con il clero e i fedeli, riparò a Caorle, nei domini bizantini, dove la diocesi sopravvisse per un periodo imprecisato.[2] All'epoca del vescovo Pietro, agli inizi del IX secolo, la sede episcopale era di certo ritornata a Concordia,[3] dove era stata edificata una nuova cattedrale dedicata a Santo Stefano, ma era avvenuta nel frattempo una scissione che aveva dato origine alla sede autonoma di Caorle, forse anche a causa dello scisma tricapitolino a cui il vescovo Chiarissimo aveva aderito (uno sviluppo simile alla separazione tra Aquileia e Grado).
In una bolla di papa Urbano III del 12 marzo 1186 al vescovo Gionata vengono elencati per la prima volta tutti i possedimenti e le proprietà sotto la giurisdizione dei vescovi concordiesi, tra cui quaranta pievi.
Nei secoli XIV e XV, a causa principalmente dell'azione dei fiumi Tagliamento e Livenza, l'area di Concordia subì una trasformazione morfologica consistente e prese l'avvio un impaludamento che sommerse alcune pievi e villaggi costieri. Per questo motivo, pur mantenendo nominalmente il titolo di sede vescovile, Concordia decadde rapidamente e i vescovi preferirono trasferire la loro residenza a Portogruaro o anche fuori diocesi (Venezia). Già nel 1425papa Martino V dispose il trasferimento della sede a Portogruaro, ma il decreto dovette essere revocato dal successore Eugenio IV, su istanza del capitolo cattedrale e della comunità di Portogruaro. La traslazione ufficiale avvenne comunque in seguito con la bolla di papa Sisto V del 29 marzo 1586; la chiesa di sant'Andrea venne ad assumere il ruolo di chiesa ausiliare, ma non ebbe mai il titolo di concattedrale.
Negli ultimi due secoli sono avvenute una serie di modifiche territoriali volte ad eliminare le varie exclavi dell'arcidiocesi di Udine in territorio concordiese e a riordinare i confini orientali coincidenti con il mutevole corso del Tagliamento. Già nel 1794 a Concordia furono unite le sei parrocchie della soppressa abbazia territoriale di Sesto.[5] Il 1º maggio 1818 con la bolla De salute dominici gregis di papa Pio VII la giurisdizione di Concordia si estese sulle parrocchie ex udinesi di Castello d'Aviano, Erto, Cimolais, Claut, Corbolone, Sesto e Torrate, nonché su Saletto-Bando, località priva di una propria autonomia e inclusa nella giurisdizione di Morsano;[6] di contro, cedette alla vicina quattro filiali dell'antica pieve di San Giorgio della Richinvelda, ovvero Rivis, Turrida, Grions e Redenzicco. Un'ulteriore variazione avvenne il 13 novembre 1923 con l'inclusione di Meduna di Livenza e Carbona, sempre da Udine.[7][8] Le ultime acquisizioni del XX secolo, ancora da Udine, furono decise dalla Congregazione per i vescovi il 18 ottobre 1974 e riguardarono San Paolo e Mussons (nel comune di Morsano al Tagliamento).[9][10]
Durante la Prima guerra mondiale avvennero disordini a Portogruaro, nei quali fu percosso anche il vescovo Francesco Isola, che per questo motivo presentò la rinuncia alla Santa Sede. Questa, oltre ad accogliere le dimissioni, dispose anche la traslazione della residenza episcopale, della curia e del seminario a Pordenone. A causa di opposizioni a livello locale, si poté eseguire solo lo spostamento del seminario, che avvenne nel 1919.
Dopo la promozione di Pordenone a città capoluogo di provincia (1968), con il decreto In dioecesi Concordiensi del 12 gennaio 1971 la Congregazione per i vescovi stabilì il nuovo titolo della diocesi in Concordia-Pordenone. Con il successivo decreto Novissimis hisce del 26 ottobre 1974 la stessa Congregazione dispose la traslazione della sede vescovile da Portogruaro a Pordenone elevando, al tempo stesso, il duomo di San Marco di Pordenone alla dignità di concattedrale.
Nell'aprile-maggio 1992 la diocesi accolse la visita pastorale di papa Giovanni Paolo II. Si trattò della prima visita pastorale di un Pontefice alla diocesi. In passato i papi Gregorio XII e Pio VI erano transitati per il territorio per recarsi l'uno al concilio di Cividale (1409), l'altro a Vienna (1782).
