Il territorio si estende su 6.599 km² ed è suddiviso in 321 parrocchie. Dal 16 giugno 2012 è stata rivista l'organizzazione territoriale della diocesi, con la riduzione delle arcipreture da 12 a 4:[2]
arcipretura di Braganza, comprensiva dei comuni di Braganza e di Vinhais;
arcipretura di Miranda do Douro, comprensiva dei comuni di Miranda do Douro, di Mogadouro e di Vimioso;
arcipretura di Mirandela, comprensiva dei comuni di Mirandela e di Macedo de Cavaleiros, e della parrocchia di Castro Vicente nel comune di Mogadouro;
La diocesi di Miranda fu eretta il 22 maggio 1545 con la bollaPro excellenti Apostolicae Sedis di papa Paolo III, ricavandone il territorio dall'arcidiocesi di Braga. La nuova diocesi era costituita da 338 freguesias divise in 5 arcipresbiterati: Miranda do Douro, Braganza, Monforte, Mirandela e Lampaças.[3]
Nel 1552 fu dato avvio alla costruzione della cattedrale, che fu ultimata verso la fine del secolo; già nel 1566 il vescovo António Pinheiro aveva consacrato l'altare maggiore.
Il 4 agosto 1607 il vescovo Diogo de Sousa istituì il seminario diocesano, dedicato a san Giuseppe.
Il 17 novembre 1764 il vescovo Aleixo de Miranda Henriques, a causa della decadenza della città episcopale, chiese ed ottenne dal re Giuseppe I l'autorizzazione al trasferimento della sede vescovile a Braganza, traslazione che fu attuata l'anno successivo. Nel 1766 anche il seminario diocesano si trasferì a Braganza.
Il 10 luglio 1770 la diocesi di Miranda fu divisa in due con l'erezione di quella di Braganza, in forza del breve apostolicoPastoris aeterni di papa Clemente XIV; fu eretta a cattedrale l'antica chiesa gesuitica del Santo Nome di Gesù. La separazione durò tuttavia solo 10 anni. Infatti il 27 settembre 1780 le due diocesi furono unite con la bolla Romanus Pontifex di papa Pio VI e la sede della diocesi fu posta in Braganza.
Il 30 settembre 1881 per effetto della bolla Gravissimum Christi di papa Leone XIII la diocesi si ampliò, incorporando l'arcidiaconato di Moncorvo, che era appartenuto all'arcidiocesi di Braga: la diocesi contava allora 334 parrocchie con 187.675 fedeli.[4] Il 20 aprile 1922 invece cedette l'arcipretura di Monforte a vantaggio dell'erezione della diocesi di Vila Real. Da questo momento il territorio diocesano venne a coincidere con quello del distretto civile.
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