Es traten insgesamt 54 Mannschaften aus der Bundesliga, der 2. Bundesliga, der Regionalliga (3. Liga), der Oberliga (4. Liga) und dem Landesverband unterhalb der Oberliga im K.-o.-System gegeneinander an, wobei die zehn Mannschaften aus dem Oberhaus (Bundesliga) erst zur zweiten Runde in den Wettbewerb einstiegen. In den ersten zwei Runden wurde das Teilnehmerfeld nach territorialen Gesichtspunkten in Gruppe Nord und Süd unterteilt. Danach ging es einheitlich weiter und es erfolgte die weitere Ausspielung in Achtel-, Viertel und Halbfinale sowie einem Finale, das aus Hin- und Rückspiel bestand.
1. Hauptrunde
An der 1. Hauptrunde nahmen folgende 44 Mannschaften teil, die hier nach ihrer Ligazugehörigkeit während der Saison 1987/88 aufgelistet sind. Gespielt wurde am 13. Februar 1988.
Qualifiziert waren für die 2. Hauptrunde folgende 32 Mannschaften, die hier nach ihrer Ligazugehörigkeit während der Saison 1987/88 aufgelistet sind. Gespielt wurde am 5. und 6. März 1988.
Der SC Eintracht Alsweiler kam kampflos weiter, weil die TSF Ludwigsfeld verzichtete.
Achtelfinale
Qualifiziert waren für das Achtelfinale folgende 16 Mannschaften, die hier nach ihrer Ligazugehörigkeit während der Saison 1987/88 aufgelistet sind. Gespielt wurde am 26. und 27. März 1988.
Qualifiziert waren für das Viertelfinale folgende acht Mannschaften, die hier nach ihrer Ligazugehörigkeit während der Saison 1987/88 aufgelistet sind. Gespielt wurde am 9. April 1988.
Qualifiziert waren für das Halbfinale folgende vier Mannschaften, die hier nach ihrer Ligazugehörigkeit während der Saison 1987/88 aufgelistet sind. Gespielt wurde am 7. Mai 1988.
Das Finale um den DHB-Pokal, das aus Hin- und Rückspiel bestand, wurde am 12. und 15. Mai 1988 zwischen Titelverteidiger TSV Bayer 04 Leverkusen und dem VfL Engelskirchen ausgetragen. Den Pokal sicherte sich zum zweiten Mal die Mannschaft vom VfL Engelskirchen, die im Finale Leverkusen mit 33:29 (Hinspiel 13:12, Rückspiel 20:17) besiegte.