L'arxidiòcesi va néixer a partir de la unió de l'arxidiòcesi de Messina, de la diòcesi de Lipari, de la prelatura de Santa Lucia del Mela i de l'arximandritat del Santíssim Salvador, i s'estén a la part oriental de la província de Messina.
L'arxidiòcesi actual és el resultat de la fusió de quatre districtes eclesiàstics antics.
Arxidiòcesi de Messina
Segons la tradició, la diòcesi va ser erigida per sant Pau, que va ordenar el primer bisbe, Sant Bacchilo. No obstant això, es tenen algunes notícies certes només des del segle v, i el primer bisbe conegut és Eucarpo, que va estar present al sínoderomà de 502. De les cartes dels Papes Pelagi I i Gregori el Gran es coneixen els noms d'altres bisbes: Eucarpo II, Felice i Dono. Altres bisbes de Messina assistiren als concilis ecumènics celebrats a Orient: Benedetto, Gaudioso i Gregorio.
Amb la conquesta àrab de Sicília, no es tenen més notícies de les comunitats cristianes de l'illa i la seva organització eclesiàstica. Van sobreviure només alguns monestirs grecs a Val Demone.
A partir del 1061 els normands van començar la conquesta de Sicília a partir de Messina. El comte Roger I, després d'ocupar la plaça forta de Troina la van elevar com la capital del seu regne i van establir una diòcesi, nomenant com a bisbe Roberto, sense adonar-se de les prerrogatives dels Papes de Roma. Amb la conquesta de Messina, Roberto traslladà la seva seu. Els seus successors van mantenir el doble títol de Messina i Troina fins a l'època de la reina Constança.
Les difícils relacions inicials entre els reis normands i la Santa Seu es van aguditzar quan Roger II s'uní a l'antipapaAnaclet II, (1130), que va promoure Messina a seu metropolitana amb la butllaPiae postulatio voluntatis. No obstant això, aquestes iniciatives d'Anaclet II van ser cancel·lades al final del cisma pel papa Eugeni III, que amb la butlla Cum universis ecclesiis de 1159 van reiterar el privilegium libertatis concedit en el moment a Roger I, que eximia a Messina de qualsevol altra jurisdicció eclesiàstica i la seva presentació directa davant la Santa Seu.
A causa de la guerra de les Vespres Sicilianes, la seu Messina va romandre vacant durant uns vint anys. De fet, el bisbe Francesco Fontana, que va ser triat a Nàpols pel capítol de la catedral a l'exili, va abandonar poc després de la seu, que es va mantenir sense pastor fins al nomenament de Guidotto d'Abbiate el 1304.
Durant els segles xiv i xv no eren rars els xocs entre el capítol de la catedral i de la Santa Seu, que en diverses ocasions es va negar a aprovar els nomenaments dels arquebisbes, deixant vacant la seu durant diversos anys.
Els arquebisbes Giovanni Retana i Antonio Lombardo van construir i inaugurar el seminari arxidiocesà. Entre 1621 i 1725 es van celebrar cinc sínodes diocesans, que van seguir els que se celebren el 1392 i en 1588.
Durant el segle xviii l'arxidiòcesi va haver de patir molt al principi de la pesta de 1743, que va causar la mort de 30.000 persones, entre elles l'arquebisbe català Tomàs de Vidal i de Nin; i després pel terratrèmol de 1783, que va causar grans danys i danyà severament la catedral.
A la primera meitat del segle xix Messina cedí porcions de territori per a la creació de les diòcesis de Nicosia (17 de març de 1816) i d'Acireale (27 de juny de 1844); i també en 1827 quatre ciutats van ser cedides a la diòcesi de Patti.
En 1844 la província eclesiàstica de Messina cedí la diòcesi de Cefalù com a sufragánea de l'arxidiòcesi de Palerm, mentre adquirida com a nova diòcesi sufragània la de Lipari, fins llavors immediatament subjecta a la Santa Seu. D'altra banda, en 1883 el PapaLleó XIII va unir aeque principaliter l'arximandritat del Santissimo Salvatore, durant cinquanta anys vacant, a l'arxidiòcesi de Messina.
A principis del segle xx, l'arxidiòcesi i la ciutat de Messina van viure dos moments molt dramàtics: el terratrèmol de 1908, que va destruir el 90% dels edificis (com ara la catedral i la majoria de les esglésies i cases religioses) i que va causar 80.000 morts; i els bombardejos aliats de juny de 1943, que va causar la destrucció de la catedral de nou, que va cremar durant tres dies consecutius.
El 30 de setembre de 1986, amb el decret Instantibus votis de la Congregació per als Bisbes, les dues seus de Messina i Lipari, la prelatura de Santa Lucia del Mela i Arximandritat del Santíssim Salvador es van unir amb la fórmula de plena unione i la nova circumscripció eclesiàstica va prendre el seu nom actual. També es va establir que l'arquebisbe pro tempore empra també el títol d'arximandrita del Santíssim Salvador.
Bisbat de Lipari
L'illa de Lipari va ser habitada, ja en el segle iv, pels monjos de ritu llatí, que va adoptar el ritu bizantí durant el segle viii. La tradició senyala com a protobisbe a sant Agatone, present a l'illa el 254. En primer bisbe documentat històricament és Augusto, qui assistí a dos sínodesromans el 501 i el 502.
Després l'arxipèlag de les Eòlies va ser ocupat ocupada pels àrabs. La vida cristiana es va reprendre el segle xi, quan el comte Roger, després d'haver conquerit les illes, fundà a Lipari una abadia benedictina dedicada a sant Bartomeu Apòstol, assignant com a dot les illes Eòlies; la fundació va ser aprovada pel PapaUrbà II amb butlla de 3 de juny de 1091. El mateix Roger havia fundat a Patti una altra abadia, la del Santíssim Salvador (1094), que va ser unida amb la de Lipari i governat per un sol abat.
La unió de les dues seus es va mantenir fins al 18 d'abril de 1399, quan el Papa Bonifaci IX, amb el breuDudum ex certis,[1] separà les dues diòcesis i es va traslladar al bisbe Francesco Gattolo la seu de Lipari, i nomenà a Francesco Hermemir per a la seu de Patti. Amb una altra butlla, el mateix Papa va haver de determinar les possessions de cadascuna, en què els dos prelats havien trobat una font de litigi.
El 29 de novembre de 1627 l'església de Lipari va ser eximida de la metròpoli de Messina i va esdevenir immediatament subjecta a la Santa Seu mitjançant el breu Romanus Pontifex[2] del Papa Urbà VIII. En 1844 va acabar aquest privilegi i la seu es va sotmetre de nou a Messina.
El 1206 es va erigir la parròquia de Santa Lucia del Mela, a causa de l'interès de l'emperador Frederic II, que havia fet el lloc d'un del seu lloc de vacances i que havia erigit una capella reial. El territori va ser separat de la diòcesi de Patti i cedit pel sobirà al Capellà Major del Regne de Sicília, una institució fundada el 1132.
Com els bisbes de Patti van reclamar els seus drets sobre el territori parròquial, el 1228 primer i després finalment, en 1248 el rei va confirmar la independència de Santa Lucia, en virtut de les prerrogatives que deriven del privilegi que el Papa Urbà II havia concedit el 1098 al comte Roger i conegut com a Apostolica legazia.
Durant la primera meitat del segle xvii, els bisbes van treballar per reconstruir des de zero l'antiga catedral, que havia estat encarregada pel comte Roger en 1094.
Al segle xix, el Papa Pius IX va erigir Santa Llúcia i el seu territori en la prelatura nullius. El prelat gaudia de tots els drets episcopals excepte la facultat d'ordenar i exercia la seva jurisdicció sobre una petita àrea integrada pels municipis de Santa Lucia del Mela, Sant Filippo del Mela, Pace del Mela, Gualtieri i respectivament els pobles de San Giovanni, Archi, Cattafi, Corriolo, Olivarella, Giammoro i Soccorso.
Amb el nomenament del prelat Ignazio Cannavò com a arquebisbe de Messina el 10 de desembre de 1977, les dues seus van quedar unides in persona episcopi.
La jurisdicció de l'arximandritat del Santíssim Salvador, a través dels segles, es va expandir fins a 62 monestirs a Sicília i Calàbria. L'arximandritat es va erigir en diòcesi pel PapaUrbà VIII amb el breu del 23 de març de 1635. Més tard hi va mancar les diferències amb l'arxidiòcesi de Messina, degudes a les dificultats per identificar i definir el territori de l'arximandritat.
Amb la mort de l'arximandrita cardenalEmmanuele De Gregorio, que va tenir lloc el 6 de novembre de 1839, es va iniciar un llarg període de seu vacant. Les successives lleis de supressió de les corporacions religioses va provocar el tancament dels monestirs de Sant Basili i la seva apropiació per l'Estat. L'arximandritat va disminuir fins a unes poques parròquies i el Papa Lleó XIII, amb el breu del 31 d'agost de 1883 va unir l'arximandritat del Santíssim Salvador aeque principaliter a l'arxidiòcesi de Messina.