Berdasarkan data Kementerian Dalam Negeri tahun 2023, penduduk kecamatan Wanea sangat beragam dalam agama yang dianut. Adapun persentasi penduduk Kecamatan Wanea berdasarkan agama yang dianut ialah, yang memeluk agama Kristen sebanyak 85,86% dimana Protestan 80,96% dan Katolik 4,89%, kemudian sebagian lainnya beragama Islam yakni 13,59%. Pemeluk agama Buddha sebanyak 0,29% adapun Hindu 0,24% dan lainnya 0,02% .Sementara untuk rumah ibadah, terdapat 16 masjid, 1 musola, 50 gereja dan 1 pura.
