Berdasarkan data Kementerian Dalam Negeri tahun 2023, penduduk kecamatan Bunaken Kepulauan sangat beragam dalam agama yang dianut. Adapun persentasi penduduk Kecamatan Bunaken Kepulauan berdasarkan agama yang dianut ialah, yang memeluk agama Kristen sebanyak 86,02% dimana Protestan 85,80% dan Katolik 0,22%, kemudian sebagian lainnya beragama Islam yakni 13,98% .Sementara untuk rumah ibadah 1 masjid dan 23 gereja.
