Berdasarkan data Kementerian Dalam Negeri tahun 2023, penduduk kecamatan Bunaken sangat beragam dalam agama yang dianut. Adapun persentasi penduduk Kecamatan Bunaken berdasarkan agama yang dianut ialah, yang memeluk agama Kristen sebanyak 64,27% dimana Protestan 61,82% dan Katolik 2,45%, kemudian sebagian lainnya beragama Islam yakni 35,69%. Pemeluk agama Buddha sebanyak 0,04% .Sementara untuk rumah ibadah, 26 masjid dan 66 gereja.
