Bukit-bukit di Panaitan diselimuti oleh hutan dan berbagai macam hewan liar, seperti rusa, babi hutan, monyet, ular phyton dan burung-burung. Beberapa jenis buaya air tawar dan kadal raksasa juga bisa ditemui di sini. Salah satu bukit tinggi dikenal sebagai Gunung Raksa, tempat ditemui patung-patung Hindu purba di puncaknya.
Garis pantai Pulau Panaitan yang dihiasi dengan pantai pasir yang luas secara alami menciptakan beberapa lokasi wisata selam scuba untuk menikmati terumbu karang dan menciptakan gelombang ombak yang hebat untuk para peselancar. Salah satu tempat penyelaman yang terkenal di tempat ini adalah terumbu karang Batu Pitak dekat Legon Butun. Namun, karena kuatnya arus dan faktor-faktor alam lainnya, menyelam di sekitar Pulau Panaitan tidak direkomendasikan untuk penyelam pemula.
Arkeologi
Di Panaitan ditemukan arca berupa Ganesha dan Siwa di puncak Gunung Raksa. Arca tersebut diperkirakan dari abad pertama Masehi.[1] Namun beberapa sumber menyebutkan bahwa arca tersebut berasal dari periode awal Hindu-Buddha Nusantara yang terpengaruh oleh unsur budaya Dinasti Gupta India pada abad ke-7 Masehi.[2]