Di tengah kisruhnya sepak bola Indonesia, PSIS Semarang memilih bernaung di Divisi Utama Liga Indonesia 2011–12 (LPIS) di bawah bendera PT Liga Prima Indonesia Sportindo. Di musim ini PSIS Semarang saham PSIS Semarang dikuasai oleh PT Ancora.
Pada saat kompetisi berjalan General Manager Teknik PSIS Setyo Agung Nugroho, Aisten GM Adi Saputra, serta psikolog PSIS Ferdinand Hindirato mengundurkan diri. Karena terjadi ketidak sepahaman dengan managemen klub[1]
Mengenai materi pemain PSIS mengandalkan serangan pada Han Ji-Ho. Sedangkan tansisi dari lini pertahanan ke menyerang PSIS mengandalkan Donny Siregar. Di bawah mistar gawang, PSIS diperkuat lagendanya, yaitu I Komang Putra yang sebelumnya membela Persela Lamongan. Evaldo Silva da Assis sempat dikontrak akan tetapi sebelum musim dimulai, pemain tersebut mengundurkan diri dan pulang ke Brasil. Di tengah musim terjadi pemecatan kepada lima pemain. Mereka ialah Donny Siregar, Hasan Basri Lohi, M Taufan, Simon Kujiro, dan Romi Agustiawan. Konon hal tersebut terjadi karena kelima pemain tersebut membangkang management PT Ancora. Namun pemecatan tersebut urung terjadi setelah berlima muncul ketika PSIS menggasak PPSM Sakti Magelang 5-0. Pemecatan justru terjadi pada pelatih Edi Paryono yang digantikan oleh Gusnul Yakin.
Hal yang menarik di musim ini adalah, PSIS Semarang, sempat mendapatkan bek asal Serbia, Dragan Dragutinovic yang merupakan pinjaman dari Arema IPL, akan tetapi karena terhalang pengurusan ITC, pemain ini tidak bisa kunjung merumput, dan akhirnya justru menjadi assisten pelatih.
14 Januari 2012, terjadi bentrok intern suporter PSIS sendiri (Snex dengan Panser Biru) seusai pertandingan melawan PSIR Rembang, yang mengakibatkan satu supporter dari kelompok supporter Senx bernama Ofik Arangga (19) meninggal dunia.[2]
