Di pertengahan musim, Kiper Barep Wahyudi, Fajar Bagus Bintoro, Wage Dwi Aryo, dan A M Bachtiar yang dicoret Pelatih Eko Riyadi dari skuat PSIS Semarang. Pencoretan tersebut dirasa sangat mengejutkan Sebab beberapa di antara mereka kerap jadi starter dalam beberapa laga.[1] Menurut Eko Riyadi, keputusan pencoretan ini karena keempatnya tidak bisa memenuhi ekspektasi yang diharapkan. Wage Dwi Aryo yang diharapkan di awal kompetisi mampu mengantikan peran Bakori Andreas yang hijrah ke Perssu Sumenep namun justru menghuni bangku cadangan, A M Bachtiar kerap digeser oleh pemain muda yakni Anhar Latif yang klop berduet dengan M Tegar Pribadi. Apalagi saat Fauzan Fajri pulih, Eko lebih sering menduetkan kapten tim tersebut bersama M Tegar Pribadi.[2] Kiper Barep Wahyudi tersisih saat penjaga gawang utama Syaiful Amar sudah fit. Adapun Fajar Bagus Bintoro dianggap tidak fokus karena waktunya tersita karena mengikuti rangkaian tes masuk TNI.
Selain keempat pemain tersebut, PSIS Semarang juga kehilangan Topas Pamungkas yang mengundurkan diri dari tim. Manajer PSIS, Wahyu “Liluk” Winarto, menjelaskan alasan mundurnya Topas lebih dikarenakan faktor keluarga.[3] Akan tetapi belakangan terungkap Topas Pamungkas kemudian merapat ke PSIM Yogyakarta.[4]
Di akhir musim, PSIS Semarang hanya sanggup lolos di babak kedua / Babak 16 Besar tidak berhasil menjadi 8 (delapan) tim terbaik. Di Babak Pertama PSIS Semarang tampil meyakinkan dengan menjadi pimpinan klasemen Grup 4, mencatatkan 9 kali kemenangan dan 1 kali seri dari 12 kali permainan, mengumpulkan 28 poin. Sayang dibabak kedua PSIS Semarang tidak mampu menandingi kedigdayaan PSPS Pekanbaru dan Persekap Pasuruan.
Meskipun gagal lolos sampai semi final, pemain PSIS Semarang berhasil menyabet gelar Pencetak Gol terbanyak di ISC B 2016. Adalah Johan Yoga Utama yang berhasil meraih predikat tersebut sehingga PSIS Semarang setidaknya mempunyai sesuatu yang dapat dibanggakan di ajang ISC B 2016. Mantan penyerang Timnas U-23 itu menceploskan 15 gol dan hanya selisih satu gol dari striker belia milik PSS Sleman, Chandra Waskito. Atas torehan itu, Johan membawa pulang sepatu emas sekalugus uang tunai Rp 50 juta.[7]
Per pertandingan yang dimainkan pada 10 September 2016. Sumber: ISC Kriteria penentuan peringkat: 1) points; 2) goal difference; 3) number of goals scored. (A) Lolos ke babak berikutnya.
Per pertandingan yang dimainkan pada 12 November 2016. Sumber: ISC Kriteria penentuan peringkat: 1) points; 2) goal difference; 3) number of goals scored. (A) Lolos ke babak berikutnya.
