Mayoritas penduduk Desa Lingga Raja II adalah Suku Batak Toba. Selain itu, terdapat juga etnis Batak Pakpak. Estimasi jumlah etnis Batak Pakpak di Desa Lingga Raja II adalah sekitar 4% dari total populasi desa, yang mayoritasnya merupakan marga Manik Siketang (Manik Pegagan) dan Berutu.
Marga-marga Batak Toba yang berada di Desa Lingga Raja II umumnya merupakan marga yang berasal (melakukan perpindahan) dari sekitaran kawasan Pulau Samosir.
