Sejak awal, koalisi BA mengalami ketegangan akibat Partai Islam Se-Malaysia (PAS) yang bertekad menjadikan Malaysia sebagai negara Islam. Hal ini ditentang oleh 30% kaum minoritas non-Muslim Malaysia.
Ketegangan semakin memuncak setelah PAS berhasil memperoleh kursi terbanyak di koalisi BA pasca Pemilu Legislatif 1999 dan membuat partai-partai minoritas semakin khawatir akan kehilangan suara. Pada 21 September 2001, Partai Tindakan Demokratik mengumumkan keluar dari Barisan Alternatif.[1]
Perpecahan di Barisan Alternatif dipicu oleh pertikaian antar partai komponen pada Pemilu Legislatif 2004 karena partai komponen BA tidak dapat menyepakati pembagian calon legislatif di negara bagian. Hubungan antara Partai Keadilan Rakyat dan PAS pun ikut tegang, seperti halnya jetika PAS menolak untuk mendukung calon legislatif dari Partai Rakyat Malaysia di kursi parlemen Kota Bharu, Kelantan.