Tanggal 21 April 2002, hari Minggu, sekitar pukul 09.13 WIT, pesawat Es Nop milik maskapai penerbangan RusiaAntonov yang dicarter Maskapai Penerbangan PT Trigana Air Service untuk mengangkut kebutuhan pokok ke Wamena, Papua, terbakar saat mendarat di Bandar Udara Wamena. Tidak ada korban jiwa.[2]
Tanggal 19 April 2007, hari Kamis, sekitar pukul 0.00 WIT, pesawat Trigana AirFokker F27 salah satu bannya pecah saat melakukan pendaratan Bandar Udara Wamena, Papua. Tak ada korban yang jatuh.
Tanggal 6 Maret 2008, hari Kamis, sekitar pukul 07.00 WIT. Pesawat jenis Transall C-160 terbang dari Bandar Udara Sentani Jayapura sekitar pukul 06.15 waktu setempat dan dijadwalkan mendarat di Bandara Wamena pukul 06.59 waktu setempat, pesawat membawa lima ton bahan bakar minyak (BBM) jenis solar dan lima ton avtur. Saat melakukan pendaratan mulus, tetapi ketika mau keluar dari ujung landasan menuju apron, dari pengendali lalu lintas udara diperoleh informasi, ada percikan api dari roda. Keenam orang awak, terdiri pilot Capt Jarot, Copilot Dwiyanto, Mekanik Pesawat Denny, Mekanik Herlyo dan Wardi serta Warjito, sempat keluar pesawat sebelum api membesar dengan cepat. Dua mobil pemadam kebakaran milik Bandara setempat yang dikerahkan untuk menjinakkan api tidak bisa berbuat banyak. Badan pesawat berikut muatannya musnah dan hanya meninggalkan puing-puing. Tidak ada korban dalam peristiwa ini.
Tanggal 09 April 2009, hari Kamis, sekitar pukul 06.00 WIT. Pesawat terbang Avia Star jenis BAe 146-300 dengan registrasi PK-BRD yang terbang dari Bandara Sentani, Jayapura direncanakan mendarat di Bandar Udara Wamena, Kabupaten Jayawijaya sekitar pukul 07.00, jatuh di puncak Gunung Pike sekitar 15 km dari Bandar Udara Wamena. Sebanyak 6 orang kru pesawat meninggal di tempat kejadian. Keenam korban adalah Kapten Pilot Sigit Triwahyono, Ko-Pilot M.Lukmas Yusuf, Teknisi Nesudin Rahmat, juru muat Nikmatur Rahman, pramugari Ida Handayani dan Asmarani.
Tanggal 11 Mei 2009, hari Senin sekitar pukul 14.00 WITA. Pesawat Lockheed C-130 HerculesTNI Angkatan Udara dengan registrasi A-1302 yang terbang dari Biak menuju Wamena tergelincir saat mendarat di Bandar Udara Wamena, Papua. Seorang penduduk yang berada di dekat pagar bandara mengalami patah lengan akibat terserempet roda pesawat yang terpental. Roda yang lain merusak dinding rumah penduduk di dekat bandara. Tidak ada korban dari penumpang pesawat.
Pada 8 Mei 2013, pesawat kargo Maskapai Nusantara Air Charter (NAC) dilalap api di Bandara Wamena, siang hari sekitar pukul 11.45 WIT. Menurut kepolisian, pesawat ini terbakar karena terkena percikan api yang meledakkan drum bahan bakar minyak yang sudah diturunkan dari pesawat.[3]
Tanggal 30 Desember 2015, Presiden Republik Indonesia meresmikan terminal baru bandara Wamena. Pembangunan Bandara Wamena ini merupakan prakarsa dari Kementerian Perhubungan (Kemenhub) yang dinahkodai Menteri Ignasius Jonan. Pembangunan bandara modern demi memenuhi kebutuhan masyarakat, terutama di wilayah terpencil telah sesuai dengan konsep Nawacita Presiden Joko Widodo.[4]
