La stagione 1999 degli Indianapolis Colts è stata la 46ª della franchigia nella National Football League, la 16ª con sede a Indianapolis.[1] I Colts conclusero con un record di 13 vittorie e 3 sconfitte, terminando al primo posto della AFC East e centrando l'accesso ai playoff dopo due anni di assenza. Questa stagione rappresentò un punto di svolta per la franchigia, che aveva raggiunto i playoff solo tre volte a partire dal 1977. Dal 1999, i Colts divennero una delle franchigie di maggior successo della NFL, mancando i playoff solo sei volte nei successivi vent'anni. La squadra vinse dieci gare in più dell'anno precedente, il massimo della storia finché i Dolphins del 2008 passarono da 1-15 a 11-5.
Malgrado il ragguardevole miglioramento da 3-13 a 13-3, i Colts persero contro i futuri campioni dell'AFC, i Tennessee Titans, nel divisional round dei playoff.
Il primo ruolo è il principale mentre gli eventuali successivi indicano i ruoli secondari.
(IR) sta per Injured Reserve ed indica la lista ristretta per un solo giocatore infortunato che può tornare ad allenarsi dopo la settimana 6 e a rientrare in prima squadra dopo che questa ha giocato 8 partite.
(NF-Inj.) / (NF-Ill.) stanno rispettivamente per Non-Football Injured e Non-Football Illness ed indicano le liste dove viene inserito un giocatore che ha un infortunio o una malattia non dipendente dal football americano.
(PUP) sta per Physically Unable to Perform ed indica la lista dove viene inserito un giocatore mentre è in attesa di recuperare la condizione fisica. Nella stagione regolare dopo la sesta partita giocata dalla propria squadra, il giocatore ha tempo tre settimane per riprendere ad allenarsi, più tre settimane aggiuntive dal suo rientro agli allenamenti per rientrare in prima squadra.
