L'AFC Champions League 2006 è stata la 25ª edizione della massima competizione calcistica per club dell'Asia. Il torneo è iniziato l'8 marzo 2006 e si è concluso l'8 novembre 2006, con la vittoria dei coreani dello Jeonbuk Hyundai, al 1º titolo nella competizione; questa fu una vittoria storica, in quanto fu il primo club asiatico a vincere un'edizione del torneo senza aver mai vinto il proprio titolo nazionale.
Regolamento
Fase a gironi
Si parte con 28 squadre divise in 7 gironi da quattro, in base alla regione di provenienza, ovvero i club dell'Asia orientale e del sud-est asiatico sono stati sorteggiati nei gruppi da E a G, mentre il resto è stato raggruppato nei gironi da A a D. Ogni club ha disputato un girone all'italiana con andata e ritorno contro altri tre membri del girone, per un totale di 6 partite ciascuno. I club hanno ricevuto 3 punti per una vittoria, 1 punto per un pareggio, 0 punti per una sconfitta. Le classifiche finali sono state stilate in base ai punti e , a parità di punti tra due o più squadre, si è tenuto conto in ordine dei seguenti criteri:
Punti guadagnati negli scontri diretti;
Differenza reti negli scontri diretti;
Gol negli scontri diretti;
Punti guadagnati all'interno del gruppo;
Differenza reti all'interno del gruppo;
Maggior numero di gol all'interno del gruppo.
Le sette vincitrici dei gironi insieme alla squadra campione in carica sono passate ai quarti di finale.
Fase ad eliminazione diretta
Le 8 squadre qualificate sono state sorteggiate casualmente; tuttavia, l'unica restrizione imposta è stata che i club dello stesso paese non potessero affrontarsi nei quarti di finale. Le partite si sono svolte in gare di andata e ritorno e il punteggio complessivo ha deciso il vincitore della partita. Se il punteggio complessivo non poteva produrre un vincitore, veniva utilizzata la "regola dei gol in trasferta". Se ancora in parità, i club hanno giocato i tempi supplementari, dove si è applicato ancora la "regola dei gol in trasferta". Se ancora in parità, la partita è andata ai rigori.
Squadre partecipanti
Oltre al detentore del titolo, il club saudita Ittihād Football Club, alla competizione partecipano altre 28 club.
A seguito dell'inizio della competizione, i due club thailandesi TTM Phichit e Buriram PEA e quelli indonesiani Persipura e Arema sono stati esclusi dal torneo in quanto non hanno trasmesso in tempo le convocazioni dei loro giocatori, con la conseguenza che i club in totale che hanno giocato sono scesi a 25, e che i gruppi F e G nei quali i quattro club esclusi erano stati sorteggiati hanno visto giocare tra loro solo due squadre a testa.
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