Il est le fils de Charles Alexis Fernet, médecin et professeur agrégé a la faculté de médecine de Paris, et d'Amélie Eugénie Desmarest (nièce d'Ernest Desmarest). Son frère cadet, André Fernet, pilote de chasse, fut tué au cours d'un combat aérien lors de la Première Guerre mondiale.
Jean Fernet entre dans la marine en 1899. En 1915, il se distingue comme officier de tir dans les Dardanelles, il exerce différentes fonctions pendant l'entre-deux-guerres, jusqu'au grade de vice-amiral juste avant le déclenchement de la Seconde Guerre mondiale. Proche de l'amiral Darlan et du général Weygand[1], il va faire partie de ces nombreux officiers généraux de marine qui vont occuper des postes à responsabilités dans le régime de Vichy[1]. Elevé au rang et appellation de vice-amiral d'escadre en , le maréchal Pétain le nomme à la tête du secrétariat général de la présidence du Conseil[1] et Darlan le fait nommer[1] secrétaire général du Conseil national en .
Proche de l'Action française et anti-parlementariste[1], l'amiral Fernet est plutôt anti-allemand[1]. Il restera fidèle à Pétain qu'il accompagnera à Sigmaringen à l'été 1944[1].
Chef de cabinet de l’amiral Grasset, chef d’État-major général, 1924
Commandant du Touareg t la 5e escadrille de torpilleurs en Méditerranée. Il participa aux opérations au Maroc (Guerre du Rif) et est cité pour l'attaque des plages de Sidi-Driss le .
↑Henry Coston (préf. Philippe Randa), L'Ordre de la Francisque et la révolution nationale, Paris, Déterna, coll. « Documents pour l'histoire », , 172 p. (ISBN2-913044-47-6), p. 79 — première édition en 1987.
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