Menurut legenda setempat, masjid ini dibangun pada zaman Dinasti Liao ketika Beijing menjadi salah satu ibu kota sekunder Liao. Namun, catatan menunjukkan bahwa dibangun pada 1346 selama Dinasti Yuan. Masjid ini direnovasi pada 1447 dan 1486. Masjid Dongsi selamat dari kebakaran pada akhir abad ke-19 tetapi mengalami kerusakan parah. Perbaikan menyeluruh dilakukan sepanjang abad ke-20.[4]
Arsitektur
Masjid ini terdiri dari dua gerbang, satu menara, ruang salat dan perpustakaan.[3] Ruang salat yang dihiasi dengan ukiran ayat-ayat Alquran pada pelengkung aula, dapat menampung hingga 500 jamaah. Pada pelataran bagian selatan terdapat lima ruang sayap dan di bagian utara terdapat tiga ruang sayap. Gaya arsitektur masjid memiliki ciri Dinasti Ming. Perpustakaan yang berada di halaman bagian selatan menyimpan berbagai versi Alquran.