Masjid ini dibangun pada masa pemerintahan Pangeran Arya Jepara, anak angkat Ratu Kalinyamat, yang saat itu memimpin Kerajaan Kalinyamat. Awalnya masjid ini dibangun sepenuhnya dari kayu jati, tetapi seiring waktu (dengan adanya beberapa kali renovasi) sebagian besar konstruksinya berubah menjadi beton seperti masjid modern pada umumnya. Meskipun demikian, bangunan kayu jati masih terlihat di beberapa bagian.[1]
Renovasi terhadap masjid ini telah dilakukan selama tiga kali, yaitu pada tahun 1686, 1929, dan 1989. Renovasi pertama meliputi pengurangan atapnya yang awalnya berjumlah lima menjadi tiga. Renovasi yang terakhir, yaitu pada 1989, meliputi pembangunan struktur modern dan penyesuaian tempat untuk memenuhi jumlah jemaah yang semakin banyak.[2][1]
Ukiran
Konstruksi kayu yang masih ada di masjid ini memiliki elemen ukiran yang beragam. Mulai dari serambi masjid, bahan kayu berukir digunakan pada langit-langit, sejenis jendela-jendela di bagian atas, dan pintu masuk ke ruang utama. Dalam ruang utama, hampir sebagian besar kayu-kayunya diukir, seperti pada mihrab-nya yang dihiasi dengan ukiran kaligrafi surah Al-lkhlas, Al-Falaq, An-Nas, Al-Kafirun, dan ayat Kursi. Tiang penyangga yang berjumlah empat juga diukir secara rinci di bagian bawahnya.[2]
Motif ukiran yang digunakan merupakan gabungan dari beberapa motif. Terdapat bentuk paduan bentuk geometris cembung dan cekung (Motif Majapahit), daun beralur lembut khas Jawa (Motif Semarangan), dan pola ukir berbentuk cembung (Motif Pajajaran).[2]
