Pada tanggal 9 Maret 1942, pemerintah Hindia Belanda menyerah kepada Kekaisaran Jepang, dan pemerintahan Jepang dimulai di tempat yang sekarang disebut Indonesia.[5]
Pada tanggal 14 Agustus 1945, Kekaisaran Jepang, yang mengalami kekalahan berulang kali di front Amerika dan Soviet, menerima Deklarasi Potsdamdan menyatakan niatnya untuk menyerah kepada Sekutu[6]
Pada tanggal 15 Agustus 1945, sebuah siaran perang di radio diputar terakhir kalinya pada siang hari waktu Jepang,[6] dan diumumkan bahwa kekuasaan Jepang bekas Hindia Belanda akan ditinggalkan.
Pada tanggal 27 Desember 1949, setelah lebih dari empat tahun Revolusi Nasional Indonesia, Belanda menerima menyerahnya Hindia Belanda dan menyetujui kemerdekaan Indonesia.[9]
Pada tanggal 22 November 1951, Kantor Luar NegeriJakarta dibuka.[2]
Pada tanggal 5 Agustus 1952, Konsulat Jenderal Jepang di Jakarta dibuka, menggantikan Kantor Luar Negeri Pemerintah Jepang di Jakarta, dan Konsulat Jenderal Jepang di Surabaya dibuka kembali pada hari yang sama.[2]
Pada tanggal 15 April 1958, Perjanjian Damai antara Jepang dan Republik Indonesia serta Perjanjian Kompensasi antara Jepang dan Republik Indonesia mulai berjalan[11][12]. Kemudian Konsulat Jenderal Jakarta berubah menjadi Kedutaan Besar Jepang di Indonesia[2].
Pada tahun 2008, berbagai acara pertukaran dan festival diadakan di sekitar Jakarta untuk memperingati 50 tahun terjalinnya hubungan diplomatik antara Jepang dan Indonesia, dan akan menjadi sumber dari Jakarta Japan Festival (JJM) yang akan diadakan setiap tahun dari tahun berikutnya.[13]
