Keju biasanya ditambahkan hanya di bagian akhir, setelah bahan-bahan lainnya direbus, untuk mencegah parutan. Sup ini biasanya dibuat dengan potongan dadu queso ranchero, queso fresco, atau queso cotija; kontak dengan sup yang mendidih memanaskan keju dan memberikan tekstur yang kenyal dan dapat dikunyah; pada gilirannya, keju akan sedikit meleleh, memberikan sup rasa yang khas.
Caldo de queso biasanya disertai dengan chiltepin atau totopos (keripik tortilla jagung goreng).