Mulai tahun 2006 Pemerintah Kabupaten Administrasi Kepulauan Seribu telah melaksanakan pengembangan Bandar Udara Pulau Panjang. Rencananya ukuran landasan pacu akan berubah menjadi 1400 x 30 meter, dengan lebar shoulder 150 meter (Bandar Udara Kelas III C),yang akan bisa digunakan untuk pesawat berpenumpang 50 orang. Saat ini (tahun 2009), pengembangan Bandar Udara Pulau Panjang telah dilaksanakan pembangunan tanggul untuk pembatas reklamasi, melaksanakan sebagian reklamasi untuk perpanjangan landas pacu, dan pengerukan kolam labuh.
