Дейна Скаллі перепризначена викладати в Академії ФБР, а Фокс Малдер отримує незначні завдання зі спостереження. Після того, як він розслідує випадки інопланетян в обсерваторії Аресібо в Пуерто-Ріко, Малдер отримує нового партнера, Алекса Крайчека, і зустрічає таємного інформатора X. Малдера залучають для допомоги в переговорах щодо захоплення заручників, коли Дуейн Баррі, викрадений інопланетянами, захоплює чотирьох людей. Зрештою Баррі викрадає Скаллі, вважаючи, що якщо він приведе її на своє початкове місце викрадення, гору Скайленд, інопланетяни заберуть її замість нього. Малдер йде слідом, але його затримує Крайчек, який виявляється кротом, що працює на Курця. Коли Малдер досягає гори Скайленд, Скаллі вже немає. Баррі, який наполягає на тому, що його забрали інопланетяни, помирає незабаром через Крайчека. Коли Крайчек зникає, Скіннер знову відкриває «Секретні матеріали», стверджуючи, що змовники боятимуться цього найбільше.
Через чотири тижні Скаллі опинилася в лікарні в стані коми. X надає Малдеру інформацію, яка дозволяє йому помститися її викрадачам, але натомість сестра Скаллі Мелісса переконала Малдера відвідати її ліжко. Скаллі виходить з коми після молитви до Бога і незабаром повертається до роботи. Пізніше агенти розслідують справу, пов’язану з введенням інопланетної біології підліткам у Вісконсині, і вони знову стикаються з убивцею Глибокою Глоткою, якого вбиває місцевий шериф.
Під час розслідування справи про вбивство ідентичних лікарів агенти натрапляють на мисливця за головами за прибульцями, відповідального за страту серії інопланетних клонів. Під час цього випадку з'являється доросла жінка, яка заявляє, що є сестрою Малдера Самантою, розповідає Малдеру про цілі Мисливця за головами та про те, що вона може впізнати його. Коли Скаллі викрадає мисливець за головами, Малдер змушений обміняти на неї Саманту. Під час невдалої спроби вбити Мисливця за головами Саманта гине. Однак виявилося, що це був просто один із багатьох інопланетних клонів Саманти. За допомогою X Малдер переслідує мисливця за головами до підводного човна в Арктиці. Малдер ледь не був убитий, коли потрапив у токсичну кров мисливця за головами, але його врятувала Скаллі.
Коли хакер завантажує секретну інформацію про інопланетян, накопичену десятиліттями, на цифрову стрічку, він віддає її Малдеру, який виявляє, що вся стрічка написана мовою навахо. Чоловік, що курить сигарети, починає шукати запис і відвідує батька Малдера, який невдовзі телефонує Малдеру, щоб побачитися з ним. Однак перш ніж він може щось відкрити Малдеру, його вбиває Алекс Крайчек. Скаллі привозить Малдера до Нью-Мексико, де вона знайомить його з Альбертом Хостіном, шифрувальником, який може перекладати цифрову стрічку. Онук Альберта показує Малдеру вантажний вагон, наповнений трупами прибульців. Однак Чоловік, що курить сигарети, відстежує місцезнаходження Малдера та наказує спалити вагон.
Колишня студентка Скаллі просить спеціальних агентів допомогти їй у першій справі, пов'язаній з серією зникнень людей. Малдер спочатку думає про раптове самозаймання, але потім відкидає це припущення, коли агенти знаходять Честера Бентона, який боїться власної тіні. Бентон — науковць, який досліджував темну матерію, і внаслідок нещасного випадку його тінь набула властивості знищувати всіх, хто на неї наступить.
Спеціальні агенти вирушають до міста Дадлі, Арканзас, щоб розслідувати зникнення сільськогосподарського інспектора. Коли сільськогосподарську працівницю довелось застрелити, через те що вона збожеволіла та напала на іншого працівника, це навело Малдера на думку, що з усіма в цьому місті щось не так.
Малдер отримує касету із цілком таємними документами Міністерства оборони США і намагається їх розшифрувати, щоб не тільки довести свої переконання, але і дізнатися правду про свого батька. Спроби розшифрувати документи приводять його в індіанську резервацію в Нью-Мексико.
Shearman, Robert; Pearson, Lars (2009). Wanting to Believe: A Critical Guide to The X-Files, Millennium & The Lone Gunmen. Mad Norwegian Press. ISBN0-9759446-9-X.
