Спеціальні агенти Малдер та Скаллі вирушать на їхнє перше спільне розслідування — серії смертей, які, як вважає Малдер, є наслідком експериментів інопланетян.
Спеціальні агенти розпочинають розслідування можливої змови в Повітряних силах США, попри те, що якийсь незнайомець попереджає Фокса Малдера, щоб він не втручався в цю справу. Малдер підходить занадто близько до правди про позаземне життя, але правда знов вислизає з рук.
Спеціальні агенти розслідують серію вбивств, скоєних злочинцем, який вириває у жертв печінку. Малдер та Скаллі виявляють, що вбивцею є генетичний мутант, який здійснює вбивства кожні 30 років вже протягом 90 років, і йому необхідна людська печінка для підтримання своєї життєдіяльності.
На березі озера Окободжі в штаті Айова таємниче яскраве світло спускається з неба та забирає дівчину зі спального мішка, в той час, як її брат Кевін відчайдушно кличе на поміч маму. Спеціальний агент Малдер береться за цю справу, адже дана ситуація схожа з пригодою, яка сталася в дитинстві з його сестрою.
1993 року Скаллі приходить на роботу та оповідає Малдеру про вбивство бездомного Роджера Крокетта, що відбулося напередодні — на нього напали в лісистій місцині та відгризли руку в передмісті Атлантик-Сіті. Малдер вважає очевидним зв'язок з інцидентом 1947 року, тому агенти рушають у Нью-Джерсі.
Співробітники неуточненого державного агентства залучають спеціальних агентів Малдера та Скаллі до огляду тіл жертв вбивства. У трупів зламані шийні хребці — за відсутності слідів зовнішнього впливу на шкірі. Малдер робить припущення про використання психокінетичної сили.
Фокса Малдера запрошує допомогти його колишній колега, агент Джеррі Ламана, з яким він разом працював раніше у відділі розслідувань злочинів із насиллям. З допомогою Малдера Ламана сподівається розслідувати смерть Бенджаміна Дрейка, який загинув від потужного електричного розряду при спробі відімкнути двері, що його заблокували у приміщенні.
Спеціальні агенти Малдер та Скаллі вирушають до розбитої науковуої станції в північній Алясці для розслідування смерті групи геофізиків, котрі працювали в науковій експедиції «Арктичний лід», організованій урядом США. Дослідження полягало в добуванні зразків льоду, який утворився ще при зародженні людства.
Спеціальні агенти Малдер та Скаллі запрошені Мішель Дженеро, керуючою зв'язком Центру управління польотами NASA. Мішель переконана, що хтось в NASA саботує спроби запусків шатлів. Нещодавній запуск космічного човника був відкладений лише за секунду до початку, тому Дженеро побоюється, що наступна спроба запуску також буде під загрозою. Окрім того, вона зацікавлена особисто у вдалому запуску — адже під час наступної місії на борту шатла перебуватиме її наречений.
Отримавши інформацію від Глибокої глотки, Малдер стає на шляху Міністерства оборони США, співробітники якого здійснюють зачистку місця приземлення НЛО у Вісконсині. Малдер знаходить місце приземлення, однак його хапають вояки. На гауптвахті він зустрічає уфолога-любителя Макса Феніга, якого також схопили неподалік від місця зачистки. Скаллі допомагає Малдеру звільнитися, однак у спеціального агента знову великі неприємності. Після виявлення мертвим Феніга стає зрозуміло, що в уряді є сили, котрі підуть на будь-що, аби вберегти у таємниці існування позаземних цивілізацій.
Спеціальні агенти Малдер та Скаллі розслідують два однотипні вбивства, котрі здійснені одночасно за 3000 кілометрів одне від одного. Виявляється, що дочки жертв можуть бути результатом таємного проєкту по клонуванню людей, реалізованого урядом.
До Малдера за допомогою звертається його колишня дівчина Фібі Грін, котра стала інспекторкою Скотленд-Ярд — вона розслідує смерті трьох британських політиків внаслідок самовільного загоряння.
Викрадені два студенти коледжу, спеціальний агент Фокс Малдер підозрює, що вони мають справу із серійним убивцею. Малдер готовий взятися за справу сам — Скаллі нещодавно втратила батька, однак Дейна наполягає на своїй участі в розслідуванні.
