Em 1977, regressou a Portugal. Foi docente no Seminário Maior do Porto, professor de Teologia no Instituto de Ciências Humanas e Teológicas-Porto, no Centro de Cultura Católica do Porto, na Faculdade de Teologia da Universidade Católica Portuguesa e na Faculdade de Direito dessa mesma universidade.
Foi director-adjunto da Faculdade de Teologia da UCP, no Núcleo Regional do Porto, Sócio da Sociedade Científica da UCP e da Associação Europeia de Teólogos Católicos. Tem colaborado nas revistas “Humanística e Teológica”, “Communio” e “Theologica”.
No campo pastoral foi colaborador regular na paróquia de Nossa Senhora da Conceição, no Porto, e na paróquia do Bom Jesus de Matosinhos. Trabalhou com o Movimento de Estudantes Católicos (MCE) e com a Liga Operária Católica (LOC). Trabalhou também na catequese de adultos, na Diocese do Porto e, em colaboração com o bispo-auxiliar do Porto, Manuel Pelino Domingues, publicou o livro “Catequese par ao Povo de Deus”, em dois volumes.
Havia sido anunciado dia 20 de maio de 2018, o Papa Francisco no final do Regina Coeli, na Praça de São Pedro, um consistório para a criação de 14 novos cardeais, na véspera da Solenidade de São Pedro e São Paulo - 28 de Junho, no qual António Marto era um dos escolhidos. Foi feito Cardeal pelo Papa Francisco a 28 de Junho de 2018, recebendo o título cardinalício de Santa Maria sobre Minerva.
