La diocesi di Auxerre fu eretta verso la fine del III secolo. Secondo un'antica tradizione, il primo vescovo è stato san Pellegrino, che subì il martirio all'epoca dell'imperatore Diocleziano (inizio del IV secolo).
Nell'875 i canonici Rainogala e Agaldo compilarono il primo catalogo dei vescovi di Auxerre, che fu ritenuto sostanzialmente veritiero dagli storici successivi, che sollevarono qualche perplessità sull'accuratezza della cronologia per il periodo precedente il VII secolo e notarono il grande numero di santi fra i vescovi di Auxerre. Tra questi è da segnalare san Germano, che nella prima metà del V secolo, svolse un ruolo importante non solo nella storia della Chiesa in Gallia, ma anche in quella della Britannia.
Il XII secolo è caratterizzato dalla lotta per salvaguardare l'ortodossia cattolica dalle eresie: Hugues de Noyers, vescovo di Auxerre, fu soprannominato Malleus haereticorum per la lotta contro gli albigesi, in cui fu impegnato anche il suo successore Guillaume de Seignelay.
A quest'ultimo vescovo si deve l'inizio della costruzione della cattedrale nel 1215, sul luogo di una precedente chiesa edificata a partire dal 1023.
A partire dal XVII secolo la diocesi di Auxerre divenne uno dei centri di diffusione del giansenismo, accogliendo rifugiati provenienti da altre diocesi. L'epoca giansenista della diocesi terminerà solo alla morte del vescovo Charles de Caylus nel 1754.
La diocesi fu soppressa in seguito al Concordato con la bollaQui Christi Domini di papa Pio VII del 29 novembre 1801 ed il suo territorio fu incorporato in quello della diocesi di Troyes. Ai vescovi di Troyes fu concesso anche il titolo di vescovi di Auxerre. L'ultimo vescovo di Auxerre, Jean-Baptiste-Marie Champion de Cicé si oppose alle dimissioni, come gli imponeva la bolla papale, e morì in esilio in Germania il 16 agosto 1805.
Il concordato del mese di giugno 1817 e la successiva bolla Commissa divinitus, prevedeva il ristabilimento della diocesi di Auxerre, che doveva comprendere gli arrondissements di Auxerre, di Avallon e di Tonnerre; ma il nuovo accordo non entrò mai in vigore, perché non venne ratificato dal parlamento di Parigi. Con il breveNostris sub plumbo del 4 settembre 1821 fu confermata la soppressione della diocesi di Auxerre ed il suo antico territorio entrò a far parte della restaurata arcidiocesi di Sens.
Il 6 giugno 1823 con il breve Antissioderensi ecclesiaepapa Pio VII concesse all'arcivescovo di Sens di fregiarsi del titolo di Auxerre.
Dal 1973 la città di Auxerre è diventata sede dell'arcivescovo di Sens.
Cronotassi dei vescovi
Auxerre possiede un Liber episcopalis, redatto sullo stile del Liber pontificalis, con brevi note biografiche e i dati cronologici con gli anni, i mesi e i giorni di episcopato per ciascun vescovo e il periodo di vacanza tra un vescovo e l'altro. Nella redazione più antica il catalogo risale al vescovo Cristiano, nella seconda metà del IX secolo. Secondo Louis Duchesne, il catalogo episcopale è autentico e sicuro, ad eccezione del raddoppiamento del nome di Valeriano nel IV secolo, mentre i dati cronologici sono veritieri e verificabili con certezza solo dall'inizio del VII secolo.[2]
^Per la cronologia di Aunacario, cfr. Duchesne, op. cit., pp. 440-441.
^Di lui si dice che fu vocatus episcopus, che sembra indicare un vescovo laico, ossia che non ricevette mai la consacrazione episcopale.
^L'ordine tra Savarico e Maurino è, da alcuni autori (per es. Gams e Chartraire), completamente stravolto con l'omissione di alcuni nomi.
^Contravvenendo alle disposizioni di papa Pio VII contenute nella bolla Qui Christi Domini, monsignor de Cicé non diede le dimissioni, fuggì in Germania dove morì nel 1805.
(FR) Jean Lebeuf, Mémoire concernant l'histoire ecclésiastique et civile d’Auxerre et de son ancien diocèse, continués par M. Challe et M. Quantin, vol. I, Auxerre 1848; vol. II, Auxerre 1851
(LA) Bolla Qui Christi Domini, in Bullarii romani continuatio, Tomo XI, Romae, 1845, pp. 245–249
(LA, FR) Bolla Commissa divinitus, in Sanctissimi Domini Nostri Pii divina providentia papae septimi allocutio habita in consistorio secreto die XXVIII julii MDCCCXVII, Romae 1817, pp. 30–59
