La lignée agnatique s'éteignit en 1530 avec Philibert de Chalon, vice-roi de Naples et capitaine général des armées impériales en Italie. Par testament, ce dernier avait institué comme héritier universel son neveu René de Nassau, fils de sa sœur Claude et du comte Henri III de Nassau-Breda, sous réserve de reprendre le nom et les armes des Chalon.
Également mort sans enfant de son mariage avec Anne de Lorraine, René légua les biens des Chalon en même temps que ceux des Nassau-Bréda à son cousin Guillaume de Nassau-Dillenbourg dit le Taciturne. Bien qu'il se fît appeler Guillaume « d'Orange », ce dernier ne reprit pas le nom de Chalon, auquel il n'avait aucun droit, et signa ainsi l'extinction de la dynastie. La maison d'Orange-Nassau, issue du Taciturne en lignée masculine puis féminine, et donc sans lien de parenté direct avec les anciens Chalon, conserva néanmoins l'essentiel de ses fiefs jusqu'à l'Ancien Régime (Guillaume III). Mais en 1684 et 1730, après un procès-fleuve d'un ou deux siècles, les biens comtois des Orange-Nassau passèrent (mais sans les titres afférents, restés aux Orange-Nassau !) aux Gand-Vilain[1] de Merode d'Isenghien, puis à leurs héritiers de Brancas-Lauragais, et d'Arenberg.
Louis II de Chalon-Arlay (1390-1463), seigneur d'Arlay et Arguel ; vicomte de Besançon ; vicaire impérial et prince d'Orange (fils du précédent). Son frère cadet Jean de Vitteaux est, par son fils Charles, la souche des comtes de Joigny de la Maison de Chalon.
Guillaume VII de Chalon-Arlay (1415-1475), seigneur d'Arlay et de Chatelmaillot ; prince d'Orange (fils du précédent).
autres exemples de biens acquis par des alliances matrimoniales :
Vitteaux, venu du mariage de Jean Ier de Chalon-Arlay avec Marguerite de Bourgogne
Pymont, Montmorot et Lons en partie (le bourg Saint-Désiré), venus du mariage de Louis Ier de Chalon-Arlay avec Marguerite de Vienne, fille de Philippe II (ou III) de Vienne (ces fiefs lédoniens étaient dans l'héritage que les Vienne tenaient des comtes de Mâcon-Vienne-Bourgogne depuis le début du XIIIe siècle : cf. l'article Guillaume IV, sauf Montmorot venu de la mère de Philippe de Vienne, Marguerite de Ruffey-Montmorot, qui d'ailleurs apporta des droits sur Bletterans)
les Chalon-Arlay avaient Salins en partie (un tiers) : le partage de Chalon, depuis la succession de Jean l'Antique. Cette part venait-elle de l'ancien Bourg du comte ou du Bourg du sire ? (mais au fond, c'était de toute façon un héritage des anciens sires de Salins, venus des Aubry et Liétaud comtes de Mâcon et dominants de l'Outre-Saône — la future Franche-Comté — au Xe siècle, avant Otte-Guillaume et ses descendants les comtes de Bourgogne, c'est-à-dire avant la Maison anscaride d'Ivrée : cf. les articles Aubry de Mâcon, et Traves).
La part des Chalon-Arlay s'enrichit du partage sixte d'Auxerre (un sixième de Salins, avec Châtel-Belin), et plus généralement, vers 1400, des biens comtois de leurs cousins faillis de Chalon-Auxerre-Tonnerre : avec Lons en partie (le bourg de Lons ; les Arlay réunissent ainsi l'ensemble de la baronnie de Lons-le-Saunier), Rochefort, Montaigu, Monnet, Orgelet, Dramelay, Arinthod, Montfleur (en seigneurie directe ou suzeraine ; ces biens avaient notamment été possédés par une branche cadette des Chalon-Auxerre, les Châtel-Belin : Tristan, fils cadet de Jean II, et son fils Jean, mort en 1396 à Nicopolis sans postérité ; puis la branche aînée des Chalon comtes d'Auxerre et de Tonnerre — de Jean III à Louis II, prodigues et fort endettés — les retrouve mais doit les céder aux Chalon-Arlay ; il existe une autre version : les Chalon-Auxerre-Tonnerre sont confisqués par le comte et duc de BourgogneJean sans Peur, et leurs biens passent à son petit-fils le Téméraire, alors comte de Charolais : puis le gendre du Téméraire, l'empereur Maximilien, les cède aux Chalon-Arlay en 1494 avec Valempoulières[5]).
des legs, des achats, des associations féodales indivises (paréages), des reprises en fiefs de domaines ainsi vassalisés et passant sous leur suzeraineté, ou des reprises de fiefs vassaux en déshérence en tant que seigneur éminent (suzerain) :
Les armes de la maison de Chalon-Arlay reprennent celle des comtes de Chalon, de gueules à la bande d'or, en les brisant d'une étoile d'azur au franc quartier. Après la mort de Jean IV de Chalon-Auxerre, comte d'Auxerre, la branche de Chalon-Arlay se retrouve être la seule branche survivante de la maison et perd donc sa brisure[réf. nécessaire]. À la même époque, elle hérite de la principauté d'Orange et des droits sur le comté de Genève, par la princesse Marie des Baux-Orange, fille de Raymond IV des Baux, Prince d'Orange et de Jeanne de Genève. Les dernières modifications héraldiques auront lieu au XVIe siècle pour illustrer les alliances avec les maisons des ducs de Bretagne et des comtes de Saint-Pol.
Chalon-Arlay (1258-1386) : de gueules à la bande d'or (Chalon) brisée d'une étoile d'azur au franc quartier[7].
Orange-Chalon (1386-1502) : écartelé de Chalon et d'Orange, sur le tout de Genève.
Blason de Louis de Châlon (1448-1476).
Orange-Chalon tardif (1502-1530) : écartelé, 1 et 4 contre-écartelé de Chalon et d'Orange, sur le tout de Genève, 2 et 3 de Bretagne, sur le tout de l'écartelé de Luxembourg.
Orange-Nassau-Breda (1530-1544) : écartelé 1 et 4 contre écartelé de Chalon et d'Orange, sur le tout de Genève, 2 et 3 de Bretagne et de Luxembourg, sur le tout de l'écartelé contre écartelé de Nassau et de Vianden.
Les émaux de la maison de Chalon, le gueules et l'or, ont été repris pour créer des armoiries. Au début du XXe siècle, le canton de Vaud demande à ses communes qu'elles se dotent d'armoiries. La commune d'Étagnières, alors dans le district d'Échallens souhaite reprendre quelque chose qui la rattache à son passé. Or, la commune appartenait par le passé à la seigneurie d'Échallens qui était dirigée par la maison de Chalon avant que les Bernois et les Fribourgeois ne la conquièrent pour en faire un bailliage commun. Aussi, la commune choisit les émaux de la maison de Chalon pour créer ses armoiries en rappel à son passé[8]. La même réflexion amène d'autres communes à en faire de même. Aussi, entre autres, les communes de Penthéréaz ou de Bioley-Orjulaz adoptent de même les émaux de la maison de Chalon pour leurs armoiries[8].
Généalogie des seigneurs de Châlon-Arlay et princes d'Orange
Jean soit Jean-François, dit Bâtard de Châlon-Arlay, (né vers 1467-1472 et mort après 1552), d'Eléonore d'Armagnac, épouse Anne d'Albret, puis Catherine de Bourzès
Pierre, d'Anne d'Albret, (vers 1496 - ?), épouse en 1519 Marquise de Galand
Catherine, de Catherine de Bourzès, (vers 1525- après 1587) épouse en 1552 Guillaume Comitis
Généalogie simplifiée des comtes de Bourgogne avec les comtes d'Auxonne
↑« Valempoulières, p. 112 », sur Dictionnaire géographique, historique et statistique des communes de la Franche-Comté, t. VI, par Alphonse Rousset, chez A. Robert à Lons, 1858
↑Jules Gauthier et Léon Gauthier, Armorial de Franche Comté, Paris, .
↑ a et bRoger Bastian, Charles Kraege et al. (préf. Daniel Burnand, ill. Ketty et Alexandre Gisiger), Les communes vaudoises et leur armoiries : District d'Aigle, Avenches, Échallens, Lavaux, Moudon, Oron, Payerne, Pays-d'Enhaut et Vevey, t. 3, Chapelle-sur-Moudon, Ketty & Alexandre, (ISBN2-88114-037-8), « District d'Échallens », p. 71