Pendant la Seconde Guerre mondiale, le Rubis est mis à disposition des autorités britanniques, pour l'expédition de Norvège[1]. Lorsqu'il est de retour à Dundee le 30 juin, l'armistice a été signé et l'Appel du 18 Juin a eu lieu. Les autres navires sont saisis par les Britanniques ; l'équipage du Rubis est laissé libre de choisir son camp. La quasi-totalité de l'équipage choisit de rallier les Forces françaises libres[1].
Il devient officier en second du navire en mai 1941, et participe aux opérations de guerre du Rubis, poseur de mines[1]. Il reçoit deux citations pour « son calme, son sang-froid et sa parfaite connaissance du matériel de mine »[1]. Continuant à mouiller des mines, le Rubis est endommagé en août 1941 lorsqu'il tire une torpille sur un cargo qui explose ; il rentre à Dundee escorté par des avions de la RAF et des navires d'escorte[1]. Il alterne alors les campagnes de minage et les réparations[1].
Pendant une période de réparation du Rubis, en octobre 1942, Henri Simon-Dubuisson prend le commandement du sous-marin Minerve[1]. Il supervise se remise en état et mène des opérations avec la Minerve jusqu'à ce qu'elle soit endommagée par erreur par un avion allié et la désarme en [1].
Il est commandant de la Doris en . C'est un sous-marin neuf, cédé par les Britanniques, avec lequel il termine la guerre. Il quitte son commandement en 1945[1].
Henri Simon-Dubuisson aura passé plus de cinq années d'opérations de guerre dans les sous-marins, décoré et cité deux fois par la Royal Navy[1]. Il est créé Compagnon de la Libération par le décret du [1].
Après-guerre, il est professeur aux écoles de marine en 1946. Lieutenant de vaisseau, il prend en le commandement du sous-marin 471 (Mille)[1].
Il quitte la Marine un an après et devient officier de la marine marchande britannique, basé au port de Dundee[1].