Le comté a été amputé d'une partie de son territoire en 1890 lors de la création des deux divisions du comté de Lac-Saint-Jean, appelées plus tard les comtés de Lac-Saint-Jean-Est et Lac-Saint-Jean-Ouest[2].
Municipalités qui sont restées dans le comté de Chicoutimi en 1890
Arvida (créé en 1926; fusionné à Jonquière en 1975[3])
Bagot (créé en 1855 en tant que municipalité du canton de Bagot; divisée entre Bagot-Partie-Nord-Ouest et Grande-Baie en 1859[4])
Bagotville (municipalité de paroisse) (détaché de la municipalité du canton de Bagot sous le nom de Bagot-Partie-Nord-Ouest en 1859; renommé Bagotville (paroisse) en 1954; regroupé avec Bagotville (ville), Port-Alfred et Grande-Baie pour former la ville de La Baie en 1976[4])
Bagotville (créé en 1876; regroupé avec Bagotville (paroisse), Port-Alfred et Grande-Baie pour former la ville de La Baie en 1976[4])
Chicoutimi (détaché de la municipalité du canton de Chicoutimi en 1863[4])
Chicoutimi (municipalité de canton) (créé en 1855[4])
Chicoutimi-Nord (détaché de la municipalité du canton de Tremblay en 1893 sous le nom de Sainte-Anne-de-Chicoutimi; renommé Chicoutimi-Nord en 1954; fusionné à Chicoutimi en 1976[4])
Grande-Baie (détaché de la municipalité du canton de Bagot en 1859; fusionné à Port-Alfred en 1953[4]; la municipalité de paroisse de Grande-Baie a cependant existé jusqu'à la fusion avec La Baie en 1975)
Jonquière (détaché de Saint-Dominique-de-Jonquière sous le nom de municipalité du village de Saint-Dominique-de-Jonquière en 1904; renommé Jonquière en 1912; regroupé avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002
Kénogami (municipalité de canton) (créé en 1897 en tant que municipalité du canton de Kénogami; renommé Lac-Kénogami en 1986; regroupé avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002[4])
Kénogami (détaché de la municipalité de canton en 1912; fusionné à Jonquière en 1975[4])
La Baie (créé en 1975 par la fusion de Bagotville (ville), Bagotville (paroisse), Port-Alfred et Grande-Baie; regroupé avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002[7])
L'Anse-Saint-Jean (créé en 1859 sous le nom de municipalité du canton de Saint-Jean; renommé L'Anse-Saint-Jean en 1981[8])
Laterrière (détaché de Notre-Dame-de-Laterrière en 1921; regroupé avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002[4])
Notre-Dame-de-Laterrière (créé en 1883; fusionné à Laterrière en 1983[4])
Shipshaw (créé en 1930; regroupé avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002[4])
Tremblay (créé en 1855 en tant que municipalité du canton de Tremblay; partagé en 2002: une partie est annexée à Saint-Honoré et l'autre partie est regroupée avec plusieurs autres municipalités pour former la nouvelle ville de Saguenay en 2002[4])
Municipalités qui sont passées dans le comté de Lac-Saint-Jean en 1890
Le comté de Chicoutimi comprenait lors de sa formation les cantons de Plessis (en partie), Lartigue, Simon, Ferland, Bréboeuf, Boileau, Lallemant, Périgny, Ducreux, Saint-Jean, Hébert, Otis, Bagot, Laterrière, Chicoutimi, Jonquières, Kénogami, Bourget, Taché, Simard, Falardeau, Tremblay, Harvey, Saint-Germain et Labrosse[28].