Il fonde en 1881 la revue scientifique Botanische Jahrbücher qu'il dirige jusqu'à sa mort. Il fait contribuer Ernst Friedrich Gilg à deux séries d'ouvrages (l'édition du Syllabus de 1921, et sur le Die natürlichen Pflanzenfamilien).
Il est l'auteur de nombreux travaux sur la géographie des végétaux, notamment d'Afrique. Il met en évidence l'importance de la géologie sur la répartition des plantes. Il est l'un des premiers à combiner la phylogénie et la biogéographie. Il est également l'auteur d'importants travaux sur les Araceae, les Burseraceae et le genreSaxifraga. Il reçoit la médaille linnéenne en 1913.
[1879-1882] (de) Versuch einer Entwicklungsgeschichte der Pflanzenwelt insbesondere der Florengebiete, seit der Tertiäperiode (2 volumes) (OCLC5963818).
[1892] (de) Syllabus der Vorlesungen über spezielle und medizinisch-pharmaceutische Botanik, (lire en ligne [sur biodiversitylibrary.org]).
Monographien afrikanischer Pflanzen-Familien und -Gattungen, 8 tomes :
[Engler 1898] (de) Monographien…, t. 1 : Moraceae (excl. Ficus), 18 pl. + 50 p. (lire en ligne [sur biodiversitylibrary.org]).
[Engler 1904] (de) Monographien…, t. 8 : Sapotaceae, 34 pl. + 88 p. (lire en ligne).
1895. Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas und der Nachbargebiete (Engler dir. et auteur), Berlin, D. Reimer, 2 vol. :
vol. 1,theil A et B :
[Engler] chap. theil A « Grundzüge der Planzenverbreitung in Deutsch-Ost-Afrika und den Nachbargebieten », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas und der Nachbargebiete (lire en ligne), p. 1-154 + 8 photos.
[Warburg] (de) Otto Warburg, chap. I « Palmen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 2-27.
[Schumann] (de) Karl Schumann, chap. II « Gräser », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 30-87.
[Warburg] (de) Otto Warburg, chap. III « Bananen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 90-101.
[Taubert] (de) Paul Taubert, chap. IV « Hülsenfrüchte », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 104-125.
[Dammer] (de) Udo Dammer(en), chap. V « Gemüsepflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 128-159.
[Hennings] (de) Paul Hennings, chap. VI « Essbare Pilze », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 162-164.
[Warburg] (de) Otto Warburg, chap. VII « Essbaren Früchte (exkl. Hülsenfrüchte) », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 166-241.
[Warburg] (de) Otto Warburg, chap. VIII « Genussmittel », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 244-282.
[Gilg] (de) Ernst Gilg, chap. IX « Nützhölzer », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 284-358.
[Gürke] (de) Max Gürke, chap. X « Fazerpflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 360-395.
[Dammer] (de) Udo Dammer(en), chap. XI « Farbstoffe und Gerbstoffe liefernden », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 398-408.
[Gilg] (de) Ernst Gilg, chap. XII « Harze und Kopale liefernden », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 410-419.
[Taubert] (de) Paul Taubert, chap. XIII « Gummi liefernden », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 422-429.
[Schumann] (de) Karl Schumann, chap. XIV « Kautschukpflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 432-463.
[Harms] (de) Hermann Harms, chap. XV « Oel- und Fettpflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 466-495.
[Pax] (de) Ferdinand Pax, chap. XVI « Medicinalpflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 498-520.
[Pax] (de) Gustav Lindau, chap. XVII « Zierpflanzen », dans Die Pflanzenwelt Ost-Afrikas, t. theil B : Die Nutzpflanzen Ost-Afrikas (lire en ligne), p. 522-535.