Madrigalejo del Monte liegt in der kastilischen Hochebene(meseta) gut 29 km südsüdwestlich der Provinzhauptstadt Burgos in einer Höhe von ca. 890 m. Durch die Gemeinde führt die Autovía A-1. Im Gemeindegebiet liegt der Flugplatz.
Das Klima ist gemäßigt bis warm; Regen (ca. 602 mm/Jahr) fällt übers Jahr verteilt.[2]