Zulkifli ditunjuk sebagai Komisaris Utama PT Perkebunan Nusantara III (Persero) oleh Menteri BUMNErick Thohir sejak 10 Desember2021. Zulkifli juga pernah ditunjuk sebagai Direktur utama PLN dalam rapat umum pemegang saham (RUPS) yang berlangsung Senin, 23 Desember2019 hingga digantikan pada 6 Desember2021. Zulkifli Zaini juga pernah menjabat Komisaris Independen BNI sejak 17 Maret 2015, setelah mendapatkan persetujuan dari OJK melalui Fit and Proper Test, dan dilantik menjadi Komisaris BNI berdasarkan RUPS BNI pada tanggal 17 Maret 2015, sampai tahun 2019 karena ditunjuk menjadi Direktur utama PLN. Sebelumnya, ia juga sudah menjabat sebagai direksi di Bank Mandiri selama 10 tahun. Ia mengawali kariernya di dunia perbankan pada tahun 1988 dengan menjadi staf account officer di Bank Pembangunan Indonesia (Bapindo).
