Mayoritas penduduk Desa Sipoltong adalah Suku Batak Toba. Selain itu, terdapat juga etnis Batak Karo. Estimasi jumlah etnis Batak Karo di Desa Sipoltong adalah sekitar 15% dari total populasi desa, yang mayoritasnya merupakan marga Ginting, Tarigan, Sembiring, Kaban, Sitepu, dan Pinem.
Desa Sipoltong dan Desa Pandan juga merupakan perbatasan wilayah yang dihuni oleh etnis Karo di wilayah Kabupaten Dairi, dimana kedua desa tersebut masih dianggap wilayah persebaran etnis Karo, meskipun dari segi populasi bukan etnis mayoritas. Di Sebelah utara kedua desa tersebut, semakin banyak ditemukan desa yang merupakan pemukiman etnis Karo, sedangkan di bagian selatan sudah merupakan pemukiman etnis Batak Toba dan Pakpak saja.