Van der Stel menikah dengan Johanna Jacoba Six (1645–1700) di Belanda. Dari pernikahan itu, mereka dikaruniai 6 orang anak, antara lain Willem Adriaan (yang kelak menggantikan dirinya sebagai gubernur di Koloni Tanjung), Frans (seorang petani di Koloni Tanjung), Adriaan (kelak menjadi Gubernur Ambon), dan Cornelis (salah satu korban hilang di kapalRidderschap van Holland).
Van der Stel menjadi komandan di Koloni Tanjung pada tahun 1679. Di tahun itu juga, kotaStellenbosch didirikan, dan dinamai menurut dirinya. Pada tahun 1691, ia diangkat sebagai gubernur. Pada masa jabatannya inilah, orang Huguenot tiba di Koloni Tanjung Belanda, dan beranak pinak di sana.
Ia turun jabatan pada tahun 1699 dan digantikan oleh puteranya Willem Adriaan van der Stel. Setelah itu, ia mencurahkan diri di kediamannya di Constantia, hingga akhir hayatnya di tahun 1712.