Musim 2012-13 adalah musim kedua Semen Padang FC bermain di Liga Prima Indonesia. Mereka berhasil memuncaki klasemen sementara IPL sebelum penghentian kompetisi tersebut oleh PSSI. Semen Padang juga mewakili Indonesia sebagai juara musim sebelumnya di Piala AFC 2013, tetapi hanya sampai babak perempatfinal karena dihentikan oleh East Bengal.
Pramusim
Semen Padang memulai musim ini dengan mencuatnya rumor bahwa klub akan kembali berkompetisi di Liga Super Indonesia pada akhir Agustus 2012, setelah ketidakpuasan manajemen terhadap sistem Liga Prima yang cenderung tidak profesional dan menilai Liga Super lebih profesional.[1] Rumor ini baru dibantah oleh CEO klub, Erizal Anwar empat bulan kemudian, setelah PT Liga Indonesia dibawah Komite Penyelamat Sepak Bola Indonesia yang digawangi La Nyalla Mattalitti meminta agar Semen Padang memanggil pulang pemainnya di tim nasional sepak bola Indonesia, yang sedang dalam masa persiapan menuju Piala AFF 2012 dibawah komando bekas pelatih Semen Padang, Nil Maizar.[2]
Suhatman Imam yang menduduki jabatan pelatih kepala setelah kepergian Nil ke tim nasional,[3][4] digantikan oleh Jafri Sastra yang memiliki lisensi kepelatihan A AFC sejak 16 November 2012.[5] Suhatman sendiri kembali ke jabatan direktur teknis, yang disandangnya pada masa Nil.[6]
Klub dipastikan pula tidak dapat tampil di Liga Champions AFC 2012–13 setelah Konfederasi Sepak Bola Asia menyatakan syarat untuk tampil tidak terpenuhi.[7] Persyaratan tersebut berkaitan dengan konflik dualisme kepengurusan PSSI-KPSI yang sedang terjadi pada saat itu. Selain itu, Stadion Haji Agus Salim milik Semen Padang dinilai tidak memenuhi syarat untuk menggelar pertandingan Liga Champions, meskipun pihak klub telah melakukan renovasi besar terhadap satu-satunya stadion sepak bola di Kota Padang tersebut.[8] Setelah dilakukan pengecekan pada awal Februari 2013, AFC menyatakan Agus Salim layak untuk menggelar pertandingan Piala AFC.[9]
Semen Padang melakoni 12 laga pramusim menjelang bergulirnya Liga Prima, salah satunya dengan mengikuti Piala Gubernur Aceh 2012 dan Unity Cup 2012 melawan klub Liga Super Malaysia, Kelantan FA.
PSSI, PT. Liga Prima Sportindo dan klub peserta IPL menggelar rapat pada tanggal 2 Oktober 2013 dan memutuskan untuk menghentikan kompetisi ini. Komite Eksekutif PSSI memutuskan untuk menggelar babak play-off untuk menentukan klub mana yang layak untuk masuk ke Liga Super Indonesia 2014. Sepuluh klub berpartisipasi di babak ini, dan Semen Padang mendapat bye untuk langsung melaju ke final dan juga otomatis tercatat sebagai peserta kompetisi musim berikutnya sebagai juara bertahan dan pemuncak klasemen pada saat penghentian kompetisi.
Namun, pada 25 Oktober 2013, setelah Pro Duta FC dipastikan melaju ke final play-off, Sekretaris Jenderal PSSI Joko Driyono menyatakan bahwa pertandingan ini bukanlah prioritas, karena kompetisi telah berakhir. Joko menerangkan bahwa tujuan utama babak play-off ini adalah untuk menentukan tujuh tim untuk babak verifikasi dan untuk bergabung ke ISL musim depan.[12]
Pembatalan ini berhasil memecahkan masalah jadwal. Semen Padang dijadwalkan untuk mengikuti turnamen di Vietnam dari 25 Oktober hingga 3 November, sehingga mustahil bagi mereka untuk bermain di final yang seharusnya dimainkan pada tanggal 2 November.[12] Hasil lain dari pembatalan laga final ini adalah tidak adanya juara liga untuk IPL musim ini. Pemenang laga semifinal dianggap sebagai juara play-off saja, dan Semen Padang sendiri tidak mendapat gelar apapun.[12]
Semen Padang lolos ke babak 16 besar Piala AFC 2013 setelah mengalahkan Kitchee SC dari Hong Kong pada pertandingan keempat fase grup.[14] Mereka bertemu Da Nang dari Vietnam di babak yang hanya dimainkan satu pertandingan. Karena Semen Padang merupakan juara grup E, mereka berhak memainkan laga ini di kandang mereka.
