* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 17 Maret 2024 ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 2 Februari 2024
Naby Keïta bergabung dengan klub tanah kelahirannya Horoya AC pada umur sembilan tahun.[3]
FC Istres
Keïta pindah dari Horoya AC ke Prancis pada tahun 2012, bergabung bersama klub junior FC Istres setelah gagal trial di Lorient dan Le Mans.[3] Pada tahun 2013, Ia di promosikan ke tim utama Istres. Ia membuat debut Ligue 2 pada 22 November 2013 melawan Nîmes Olympique.[4] Ia mencetak 11 gol di 23 pertandingan di musim pertamanya sebagai seorang pemain sepak bola professional di Ligue 2. Tapi klub yang ia bela terkena degradasi ke Championnat National.[5]
Red Bull Salzburg
Pada tahun 2014, Ia bergabung dengan klub papan atas Austria Red Bull Salzburg.[3] Ia membuat debut liga-nya pada 26 Juli 2014 saat melawan Wiener Neustadt.[6] Keïta mengakhiri musim pertamanya dengan lima gol dan dua assist dalam 30 penampilan, menjuarai liga dan piala. Di musim itu juga ia terpilih menjadi Pemain Terbaik Bundesliga Austria Musiman.
RB Leipzig
Pada bulan Juni 2016, Keïta pindah ke RB Leipzig, yang baru saja promosi ke Bundesliga Jerman.[3][7] Ia membuat debutnya saat melawan Borussia Dortmund[8] dan mencetak tujuh gol dalam debutnya di Bundesliga musim itu.
Liverpool
Pada 28 Agustus 2017, diumumkan bahwa kesepakatan dengan Keïta untuk bergabung dengan Liverpool telah disetujui oleh RB Leipzig.[9] Pada 1 Juli 2018, Liverpool menyepakati biaya transfer sebesar £48 juta termasuk biaya premi yang tidak diungkapkan.[10][11] Keïta membuat debutnya untuk Liverpool saat melawan West Ham United pada 12 Agustus 2018 dan menjadi bagian dari kemenangan pertama dengan skor 4–0.[12]
Werder Bremen
Pada bulan Juni 2023, Keïta bergabung dengan klub asal Jerman SV Werder Bremen, setelah kontraknya dengan Liverpool berakhir.[13] Bremen merekrut Keïta dengan durasi kontrak tiga tahun.[14]