* Penampilan dan gol di klub senior hanya dihitung dari liga domestik dan akurat per 23:41, 21 Januari 2023 (UTC) ‡ Penampilan dan gol di tim nasional akurat per 17:30, 2 Desember 2022 (UTC)
Núñez merupakan lulusan akademi Peñarol dan bermain untuk tim utama klub tersebut pada 2017. Pada Agustus 2019, ia bergabung ke Almería, sebelum bergabung ke Benfica pada 2020 dengan nilai transfer €240 juta,[3] rekor nilai transfer tertinggi dalam sejarah klub tersebut dan sepanjang sejarah klub sepak bola di Portugal. Setelah dua musim bermain untuk Benfica, pada Juni 2022, Núñez bergabung ke Liverpool dengan nilai transfer £64 juta dan menandatangani kontrak berdurasi enam tahun.[4]
Setelah tampil untuk tim nasional junior Uruguay U-20 sejak 2018, pada Oktober 2019, Núñez tampil perdana untuk tim nasional senior di pertandingan melawan Peru dengan masuk sebagai pemain pengganti dan mencetak perdana untuk timnas Uruguay di pertandingan itu.
