Keberadaan bus ini berawal dari sebuah toko kain bernama "Flores" di Jalan Mojopahit 188, Mojokerto. Suatu hari, timbul ide dari Fendi Haryanto, pemilik toko kain "Flores" untuk membuka sebuah layanan transportasi bus. Hal tersebut terwujud pada tahun 1971, dimana Fendi meluncurkan perusahaan bus Flores yang diambil dari nama toko miliknya.
Flores melayani trayek Surabaya-Solo pulang pergi, dan selain itu juga didirikan operator bus Surya Agung yang melayani trayek bus antarkota dalam provinsi dengan trayek Malang-Surabaya-Ponorogo/Magetan. Operator bus ini seangkatan dengan beberapa operator bus lama seperti Maju Mapan, Sumber Kencono, Surya Jaya, Rukun Makmur, Adi Jaya, Tunggal Jaya, Hasti, Jaya Raya, Agung Express, Piala, dll, meski sebagian besar di antaranya sudah tidak beroperasi lagi karena sudah gulung tikar.
Tipikal konsumen bus di Jawa Timur yang selalu menginginkan kecepatan membuat bus ini mengikuti kemauan para penumpang dengan berjalan cepat, sehingga bus ini berhasil menarik perhatian para calon penumpang di Jawa Timur dan sekitarnya.
Namun di saat kegemilangan bus Flores, terjadi sebuah insiden yang kurang mengenakkan. Pada tahun 1981, sebuah bus Flores yang saat itu membawa rombongan siswa SMP Katolik Wijana Jombang hendak menuju ke Yogyakarta. Saat itu bus telah sampai di Kota Solo, dan menemui perlintasan kereta api di Purwosari (sebagian sumber mengatakan di Karanganyar). Kelalaian pengemudi membuat Flores tertemper oleh KA tujuan Jakarta Pasar Senen-Solo Balapan yang melintas dan memakan banyak korban. Akibatnya, Dinas Lalu Lintas dan Angkutan Jalan Raya (DLLAJR) Pusat melarang operator bus Flores untuk melayani trayek menuju Jawa Tengah dan memotong trayek bus Flores menjadi Surabaya-Mantingan saja.[1]
Lahirnya Eka-Mira
Setelah kejadian tersebut, operator bus Flores pun mulai mengalami masa-masa sulit, salah satu penyebabnya adalah penumpang yang berpindah ke moda lain, karena khawatir adanya kejadian operan/transit penumpang. Untuk menyiasati masa-masa sulit ini, Fendi memutuskan untuk meluncurkan operator bus Eka-Mira sebagai pengganti dari operator bus Flores. Nama "Eka" dan "Mira" diambil dari nama anak kandungnya sendiri.
Pada saat awal beroperasi, Eka-Mira memiliki rute yang sama dengan pendahulunya namun terbagi menjadi dua keberangkatan yang berbeda. Bus Eka diberangkatkan dari Surabaya pada pagi sampai sore hari, sedangkan armada bus Mira diberangkatkan sebaliknya dari Surabaya. Sedangkan bus Flores diubah trayeknya menjadi Surabaya-Ponorogo pulang-pergi.
Pada tahun 1990, operator bus Eka-Mira meluncurkan layanan trayek Surabaya-Yogyakarta pulang pergi. Namun naas, operator bus Eka-Mira kembali mengalami kecelakaan dengan menabrak sebuah truk tangki, yang menewaskan pengemudi bus. Meski begitu Hal itu tidak menyurutkan langkah operator bus Eka-Mira untuk tetap melanjutkan ekspansinya ke rute Surabaya-Jogja.
Sekitar tahun 2007 armada ekonomi milik Eka dihapus untuk memfokuskan diri pada armada non ekonomi dengan layanan bus Patas dengan jargon "Cepat", sedangkan armada eks ekonomi Eka digabungkan ke Mira. Hal ini semakin mempermudah konsumen bus ini untuk membedakan antara armada kelas Non Ekonomi (Eka) dan armada kelas Ekonomi (Mira) dalam memilih karena orientasi segmen pasar yang sudah dibedakan.
Bus Ita
Selain Eka dan Mira, Fendi juga meluncurkan bus Ita di tahun 1993. Nama "Ita" diambil dari nama istrinya. Operator bus ini menggantikan tugas bus Flores yang sudah tidak beroperasi, dengan trayek yang sama seperti operator bus Flores di akhir hayatnya, Surabaya-Ponorogo pp. Namun operator bus Ita tidak bertahan lama, krisis moneter akhir 1990-an membuat operator bus ini harus gulung tikar.[2]
Eka Cepat
Eka Cepat dihadirkan untuk melayani penumpang dari Surabaya menuju ke beberapa kota di Jawa dengan layanan bus kelas Non Ekonomi berjargon "CEPAT" (bahasa Inggris: rapid bus). Eka Cepat menawarkan fasilitas penyejuk udara (AC), televisi, audio, kursi yang dapat direbahkan dengan konfigurasi kursi 2-2 dengan jumlah kursi 36/40, bantal, Wifi, layanan makan dan toilet.
Mira melayani kelas Ekonomi dengan jargon "AC Tarif Biasa" (ATB) sejak tahun 2007. Fasilitas yang tersedia di bus ini adalah penyejuk udara (AC), audio, dan kursi dengan konfigurasi 2-3.