Panji Sisingamangaraja XII terdiri dari beberapa unsur dengan filosofinya tersendiri.
Warna Putih (borna bontar), melambangkan "partondi hamalimon" (berjiwa yang suci).
Warna Merah (borna rara), melambangkan "parsinabul di habonaran" (menyuarakan kebenaran dan keadilan).
Dua Bilah Pedang, melambangkan "sirungnungi na dapot bubu" (melepaskan yang terpasung dan memerdekakan yang tertindas).
Lingkaran Putih, melambangkan "mataniari sidompahon" (matahari yang tidak bisa ditentang, yang kepadanya semua tertuju).
Delapan Sudut, melambangkan delapan "desa naualu" (delapan mata angin, dukungan dari segala arah).
Pengaruh
Panji yang digunakan oleh Sisingamangaraja XII dipengaruhi oleh bendera Alam Zulfikar. Alam Zulfikar merupakan bendera dengan pedang bermata dua yang populer di Arab, Turki, Persia, dan yang kemudian dipakai juga oleh Kesultanan Aceh sebagai tanda ketundukan kepada Khalifah di Istanbul.
Penggunaan kontemporer
Panji Sisingamangaraja XII digunakan oleh Yayasan Pendidikan Sisingamangaraja XII sebagai bagian dari logo lembaga-lembaga pendidikan yang didirikan oleh yayasannya.
Logo STMIK Sisingamangaraja XII, Medan
Logo Universitas Sisingamangaraja XII, Medan
Logo Universitas Sisingamangaraja XII Tapanuli Utara, Siborongborong
Galeri
Keluarga Sisingamangaraja XII memperlihatkan bendera asli Sisingamangaraja XII dalam peringatan wafatnya Sisingamangaraja XII yang ke-103 tahun di kediaman keluarga di Medan.
Bendera Sisingamangaraja di makamnya di Balige.
Monumen Sisingamangaraja XII di depan Kantor Bupati Tapanuli Utara, juga terdapat gambar bendera Sisingamangaraja XII.
Cap Sisingamangaraja XII pada monumen di depan Kantor Bupati Tapanuli Utara.