Ở vòng sơ loại, 20 đội có thứ hạng thấp nhất theo Bảng xếp hạng FIFA được chia làm 7 bảng (6 bảng 3 đội và một bảng 2 đội) thi đấu vòng tròn một lượt chọn đội nhất mỗi bảng vào vòng loại chính.
Ở vòng loại chính, 28 đội (21 đội có thứ hạng cao và 7 đội từ vòng sơ loại) được chia làm 7 bảng (mỗi bảng 4 đội), thi đấu vòng tròn hai lượt chọn 2 đội nhất nhì tham dự AFC Asian Cup 2004 cùng Nhật Bản và [[Đội tuyển bóng đá quốc gia Trung Quốc|Trung Quốc]].
Các quốc gia không tham dự
Sau đây là danh sách các quốc gia trực thuộc AFC không cử đội tuyển tham dự giải (trong ngoặc vuông là vị trí của họ trên bảng xếp hạng của FIFA tại thời điểm trước khi vòng loại bắt đầu):
1 Trận đấu bị hủy ở phút thứ 61 khi Iran dẫn trước CHDCND Triều Tiên 1-0 do các cầu thủ Triều Tiên rời khỏi sân bóng. Iran được xử thắng 3-0, nhưng Iran cũng được yêu cầu phải thi đấu trận đấu chính thức trên sân nhà tại giải đấu của AFC hoặc FIFA tiếp theo mà không có khán giả.
2 Trận đấu bị hủy do CHDCND Triều Tiên không duyệt thị thực cho đội tuyển Jordan, khiến họ không thể nhập cảnh. Jordan được xử thắng 3-0 và CHDCND Triều Tiên bị AFC cấm tham dự vòng loại Cúp bóng đá châu Á 2007.